Bonjour,
serait-il possible que j'accède à la partition bigmem (pour des assemblages + krakenuniq) ?
Merci infiniment !
Pascal
Bonjour Pascal,
Nous disposons de noeud (Cluster description - IFB Core Cluster Documentation) avec 2To RAM et tout utilisateur du cluster peut demander jusqu'à 1500G pour un job (sans autorisation particulière): https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/slurm/slurm_at/#the-partitions-and-resource-limits
Est-ce que cela pourrait suffire ?
Bonjour David,
oui dans l'absolu ça irait en effet (large pour le krakenuniq, à voir pour des co-assemblages dont on attend de connaitre le volume de reads mais qui pourrait être important). C'est aussi j'avoue l'espoir de pouvoir par moment réduire la durée du pending pour des jobs > 250Go RAM sur la partition fast, comme en ce moment où un job --mem 1T est en attente alors qu'il semblerait que deux noeuds bigmem soient idle ?... Je ne prévois pas de faire des jobs qui durent des semaines - famous last words...
Pour quel projet ?
Vous devriez avoir un espace dédié à votre projet ou peut-être que ces traitements font partie d'une formation ?
Oops my bad, c'est pour le projet 2509_bsg (formation metaG en master, qui se poursuit avec un stage cet été). Merci !
Vous avez accès à bigmem pour ce projet (pensez à bien spécifier le projet et la partition).
C'est top, merci beaucoup et bon week end !