Bonjour,
Je souhaiterais savoir s'il était possible de mettre à jour la version de l'index de la base de données NCBI - nt pour l'outil Kraken2, s'il vous plaît ?
Actuellement dans le répertoire shared/data/bank/nt/kraken2/ » la base de données indexée date de février 2021. Depuis, la taille de cette base de données a au moins quadruplé.
De plus, cette mise à jour permettrait d'avoir un indexage alternatif à celui de BLAST, qui a été fait en avril 2024 dans shared/data/bank/nt/nt_2024-04-12/blast/
Pour le téléchargement, il est possible de récupérer les bases de données déjà indexées via les liens suivants :
https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/k2_nt_20240530.tar.gz
https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/nt_20240530/inspect.txt
https://genome-idx.s3.amazonaws.com/kraken/nt_20240530/library_report.tsv
En vous remerciant d'avance,
Antonin Colajanni