Une équipe française a mis en place une série d'outils pour l'analyse transcriptomic (RNA-seq et données affymétrix) pour analyser des datas issues de bases de données comme GEO.
Je n'ai trouvé cet outil sur aucun serveur et nous en aurions vraiment besoin j'ai donc voulu installer Galaxy en local sur mon PC.
J'ai installé WSL2 puis Ubuntu pour travailler dans un environnement Linux. J'ai ensuite utilisé les lignes de codes trouvées sur le site de Galaxy. L'installation a correctement été réalisé sous Python 3.8.
En tapant 127.0.0:8080 dans ma barre internet j'ai accès à mon galaxy. Cependant, je n'ai pas les droits administrateurs et c'est là que je bloque :
J'ai modifié le fichier galaxy.yml.sample en galaxy.yml grâce à "cp config/galaxy.yml.sample config/galaxy.yml puis j'ai ajouté mon adresse mail dans le fichier. Cela ne fonctionne pas. J'ai tenté d'ouvrir le fichier galaxy.yml.sample, impossible.
J'ai continué de fouiller et j'ai trouvé à nouveau ce fichier à un autre emplacement "galaxy puis lib puis galaxy puis config puis sample". En ouvrant le fichier .yml.sample je peux l'ouvrir et tout est bon. Je le transforme donc en .yml et ajoute mon mail. Sans succès.
Je suis complètement bloquée sur cette accès admin. Soit il y a eu un bug à l'installation et je dois tout recommencer soit j'ai loupé quelque chose mais je ne vois pas quoi.
Je poste donc une bouteille à la mer car je n'ai rien trouvé sur internet pouvant m'aider.
Bonjour,
avez-vous créé un compte galaxy avec cette adresse mail dans l'interface de galaxy?
L'adresse email doit effectivement être écrite dans le fichier config/galaxy.yml, mais plus spécifiquement, dans la section galaxy comme ceci:
## l'adresse email ne doit pas se situer à la "racine" du fichier de config
uwsgi:
## l'adresse email ne doit pas figurer dans cette catégorie
http: 0.0.0.0:8080
threads: 8
...
galaxy:
## l'adresse email doit figurer dans cette section.
admin_users: lain@inrae.com
## il faut ensuite redémarer galaxy et créer un compte avec l'adresse définie ici
...
Serait-il possible de partager la partie de votre fichier de config qui définit l'email?
Bonjour, merci beaucoup pour votre réponse.
J'ai effectivement crée un compte sur Galaxy avec la même adresse mail.
Je trouvais déjà étrange d'avoir 2 fichiers galaxy.yml.sample dont un que je ne pouvais pas ouvrir.
J'ai mis mon adresse mail dans la partie admin_users :
J'ai tenté de tout désinstaller pour réinstaller en me disant qu'il y avait peut être eu un bug à l'installation (j'ai eu une perte de connexion durant l'installation de galaxy).
C'est dommage de ne pas trouver ces outils sur les serveurs déjà dispo car cela devrait intéresser beaucoup de monde
Merci pour votre aide, je vous enverrais la partie du fichier après réinstallation.
Bonjour,
après réinstallation cela ne fonctionne toujours pas. Je suis allée dans le fichier dans galaxy-->Lib-->config-->sample--> j'ai copier coller le fichier .sample puis l'ai modifié en .yml. Puis je l'ai ouvert avec un bloc note pour aller ajouter mon adresse mail à l'emplacement ci-dessous : (j'ai modifier mon adresse mail mais j'ai bien mis celle avec laquelle je suis enregistrée sur le server
Administrative users - set this to a comma-separated list of valid
Galaxy users (email addresses). These users will have access to the
Admin section of the server, and will have access to create users,
groups, roles, libraries, and more. For more information, see:
Bonjour,
je vois qu'il y a un '#' devant 'admin_users'.
Si votre fichier de configuration contient effectivement ce '#', il faut l'enlever, car il s'agit d'un caractère de commentaire (ce caractère dit à galaxy d'ignorer cette ligne).
Pour ce qui est de la création du fichier de config à partir du .sample, il vaut mieux déplacer le fichier que vous avez créé (galaxy.yml) de galaxy/lib/galaxy/config/sample/ vers galaxy/config/ (si vous ne l'avre pas fait) pour être sure qu'il sera bien pris en compte.
J'ai enlevé le hashtag devant le ligne de commande. J'ai déplacé le fichier dans le dossier dont vous m'avez parlé. Cela ne fonctionne pas.
En revanche j'ai vu quelque chose : le fichier galaxy.yml.sample se trouve à 2 emplacements. Est-ce normal ? Car le fichier qui se trouve dans galaxy/config ne s'ouvre pas en indiquant que le chemin est introuvable. J'ai donc transformer le fichier en yml qui se trouve dans lib/galaxy/config puis l'ai copier/coller dans galaxy/config. Cela ne fonctionne pas. Est-ce normal que les fichiers dans galaxy/config soit introuvable ?
Pour simplifier la lecture, quand je parlerais de config/ cela fera référence à /galaxy/config/.
Et quand je parlerais de sample/, cela fera référence à /galaxy/lib/galaxy/config/sample/
Le fichier config/galaxy.yml.sample est un lien.
C'est un fichier spécial qui pointe vers un autre fichier, qui est sample/galaxy.yml.sample .
Quand galaxy essaie de lire le lien (de lire config/galaxy.yml.sample par exemple), il lit en fait le fichier sur lequel le lien pointe (sample/galaxy.yml.sample).
De fait, si le fichier sample/galaxy.yml.sample n'existe plus (renommé, supprimé, etc..) alors le lien qui pointait vers ce fichier est cassé.
Pour "rétablir" le lien, il suffit de remettre en place le fichier qui a été supprimé, ou renommé, avec le bon nom.
Dans votre exemple, il me semble que vous avez renommé sample/galaxy.yml.sample en sample/galaxy.yml puis que vous avez déplacé ce fichier vers config/galaxy.yml
Pour rétablir le lien cassé, il faut:
copier votre fichier config/galaxy.yml et mettre la copie dans sample/galaxy.yml.sample
modifier sample/galaxy.yml.sample pour le remettre comme il était originnellement (remettre le '#' devant 'admin_users' devrait suffir)
Cela devrait rétablir le lien cassé.
Pour éviter ce genre de problème, il faut éviter de renommer, déplacer, modifier ou supprimer les fichiers de galaxy.
Pour modifier la configuration de galaxy on:
va dans le répertoire config/
ouvre le fichier qu'on veut modifier
copie son contenu
créé un nouveau fichier qui porte le même nom, mais sans le ".sample" à la fin (toujours dans le répertoire config).
colle le contenu
édite le nouveau fichier.
Normalement, à la fin vous devriez vous retrouver avec:
un lien, config/galaxy.yml.sample qui pointe vers sample/galaxy.yml.sample
un fichier "normal" (pas un lien) config/galaxy.yml - c'est celui là que vous voudrez modifier
Si vous êtes à l'aise avec le terminal, et que vous avez utilisé la commande git clone pour obtenir galaxy, vous pouvez rétablire les fichier cassés de galaxy avec la commande suivante, à lancer pendant que vous être dans le dossier principale (la racine) de galaxy: git reset --hard
Merci pour toutes ces précisions. Je vais donc tenter de travailler sur le fichier directement dans config/galaxy.
J’ai compris en tout la logique et le pourquoi de la présence des fichiers.
Sans rien toucher, le fichier config/galaxy.yml.sample est vide quand je l’ouvre suite à une erreur. C’est pour cela que j’avais pris celui de trouvant dans sample/. Mais je comprends pourquoi cela ne peut pas fonctionner du coup.
Je vais utiliser la commande que vous m’avez donné pour reset et utiliser la commande cp config/galaxy.yml.sample config/galaxy.yml pour avoir le fichier à modifier au bon endroit.
De mémoire je l’avais déjà fait au début, sans succès. Mais j’avais eu des problèmes de connexion lors de l’installation.
Bonjour, je reviens vers vous et merci beaucoup pour vos explications (et votre patience).
J'ai tout recommencé (réinstallation complète après avoir réinitialisé mon ordinateur), j'ai donc :
un fichier config/galaxy.yml.sample puis j'ai fais la commence cp congif/galaxy.yml.sample config/galaxy/yml qui m'a permis d'obtenir un fichier galaxy.yml à partir du fichier galaxy.yml.sample dans le dossier config.
Je n'ai pas touché aux fichiers qui sont dans lib/config/sample.
J'ai ensuite modifié le fichier galaxy.yml en ajoutant mon adresse mail dans admin_user :
Administrative users - set this to a comma-separated list of valid
Galaxy users (email addresses). These users will have access to the
Admin section of the server, and will have access to create users,
groups, roles, libraries, and more. For more information, see:
Toujours sans succès, l'interface quand je me connecte à Galaxy ne change pas et je ne trouve pas l'interface administrateur.
Dans un autre registre, auriez-vous connaissance de server qui accepte l'ajout d'outils tel que GIANT ? Puisque c'est pour ces outils que je souhaite installer galaxy localement.
Bonjour!
Eh bien désolée, je ne vois pas trop où ça coince...
En tous cas, ici je vois qu'il existe plusieurs outil "GIANT": là GalaxyCat (les outils semblent indisponible, car installés sur une galaxy inatteignable (pour moi, en tous cas)).
Cependant, je vois que ces outils sont présents sur le toolshed.
Nous devrions pouvoir les installer.
Si ces outils correspondent à ce que vous souhaitez installer, pouvez-vous ouvrir un nouveau sujet, avec la liste dse outils à installer s'il vous plaît? (histoire de ne pas mélanger plusieurs questions différentes)
Merci!
EDIT: je viens de regarder le code des outils GIANT présents sur le toolshed, et... je ne suis pas si certaine que ça qu'on puisse les installer.
J'vais tester en local, et j'ajouterais les info.
EDIT2: j'ai effectivement pu faire tourner un des outils en local, je pense qu'on pourrait l'installer sur usegalaxy fr
