Ajout support 2 formations variants calling GTN

Galaxy
#1

Hello @team.galaxy,

Serait-il possible d'ajouter à usegalaxy.fr le support de ces 2 tutoriaux du GTN ?


Les données semblent déjà être dispo, mais certains outils semble manquer comme la suite GEMINI.

Et comme je ne vois pas usegalaxy.fr dans le drop-down des instances supportées, j'imagine que ça ne doit pas encore être le cas.

Cette demande est en lien avec notre formation Analyse Variants que nous organisons du 24 au 26 Mars, et que nous envisagerions de faire sur usegalaxy.fr si ces 2 tutoriaux étaient supportés. Une demande de support de formation suivrait donc :wink:

En fait on est en pleine réflexion pour basculer une grosse partie de nos formations sur usegalaxy.fr... Comme 2020-2021 sont les années du changement on s'est dit que c'était l'occasion :wink:

Merci d'avance
Pierre

#2

Est-ce que ça te dit, un "Help Yourself" en mode téléguidage à l'occasion ?

#3

Carrément !!!
Je me demandais s'il y avait des solutions particulières pour les outils/données des tutoriaux du GTN ?
Plutôt que de lister à la main tous les outils manquants et les installer un par un.

#4

Il y a moyen d'extraire cette liste du fichier workflow, je pense : diploid.ga

#5

Pour les données elles sont déjà mises à jour toutes les semaines dans https://usegalaxy.fr/library/folders/Ffccc0a5c7f04201b par https://github.com/usegalaxy-eu/shared-data normalement

Pour les outils, le problème de l'install à partir de tous les .ga du GTN c'est qu'il n'y a pas moyen de savoir automatiquement où installer les outils dans le menu...

Du coup c'est sans doute plus clean de se baser sur les outils de https://github.com/usegalaxy-eu/usegalaxy-eu-tools (voire https://github.com/galaxyproject/usegalaxy-tools un jour mais ça n'a pas l'air prêt), quitte à sauter certains .yml qu'on ne veut pas mettre sur usegalaxy.fr (lesquels?).
Les outils des tutos GTN sont sur ce repo en général

#6

Bonjour @ppericard

Malheureusement, Galaxy (et le cluster) ne seront pas disponibles sur cette période (planning encore en finalisation). Du coup, pour cette session de formation, usegalaxy.fr ne sera pas disponible :confused:

#7

Ok. Merci pour l'info. On va se rabattre sur des solutions alternatives (usegalaxy.eu ou bien notre cloud directement).

#8

Bien vu @dbenaben , c'est en effet en plein sur la maintenance électrique de notre datacenter et sur la maintenance de notre stockage :confused: