Bonjour,
Après avoir lu la documentation sur l'utilisation d'Alphafold2, je ne parviens pas à lancer mon approche batch. En effet, après avoir renseigné la commande sbatch -A alpha_mio_halo my_fold.sh j'obtiens l'erreur sbatch: error: Batch job submission failed: Requested node configuration is not available pour le script suivant ;
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=alpha_prediction
#SBATCH -p gpu
#SBATCH --gres=gpu:3g.20gb:3
#SBATCH --cpus-per-task=10
#SBATCH --mem=50G
module load alphafold/2.1.1
mkdir -p /tmp/tantoine_alphafold
srun -A alpha_mio_halo run_alphafold.sh --fasta_paths=/shared/home/tantoine/my.fasta
--output_dir=/shared/projects/alpha_mio_halo
--model_preset=monomer
--db_preset=full_dbs
--data_dir=/shared/bank/alphafold2/current
--uniref90_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/uniref90/uniref90.fasta
--mgnify_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/mgnify/mgy_clusters_2018_12.fa
--pdb70_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/pdb70/pdb70
--template_mmcif_dir=/shared/bank/alphafold2/current/pdb_mmcif/mmcif_files
--max_template_date=2020-05-14
--obsolete_pdbs_path=/shared/bank/alphafold2/current/pdb_mmcif/obsolete.dat
--bfd_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/bfd/bfd_metaclust_clu_complete_id30_c90_final_seq.sorted_opt
--uniclust30_database_path=/shared/bank/alphafold2/current/uniclust30/uniclust30_2018_08/uniclust30_2018_08
Vous remerciant par avance pour l'attention que vous porterez à ma demande,