Bonjour,
AlphaFold v3 vient d'être rendu open source (GitHub - google-deepmind/alphafold3: AlphaFold 3 inference pipeline.). Serait-il possible de télécharger les bases de données nécessaire pour faire réaliser des prédictions : alphafold3/docs/installation.md at main · google-deepmind/alphafold3 · GitHub
Merci beaucoup,
Quentin
Bonjour @team.bank,
Je vous recontacte au sujet de la database nécessaire pour faire tourner AlphaFold3. La database complète fait 630 Go, et il est fort possible qu'une partie est redondante de certaines databases déjà sur le cluster (comme mgy_clusters_2022_05). Est-ce que vous pourriez installer les parties non-redondantes (qui sont surtout des clusters de séquences) ?
Merci beaucoup,
Quentin
Bonjour, je voudrai également utiliser alphafold3 sur l'IFB, mais je ne vois pas les bases de données, l'installation a-t-elle était faite? serai-t-il aussi possible d'installer la version en module load pour tous les utilisateurs? merci d'avance
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Je suis justement en train de tenter une installation sur la plateforme (ABiMS) et quand mes tests passent, je fais de même sur l'IFB.
Oups, j'ai oublié de vous dire qu'Alphafold 3 est disponible
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Bonjour,
Merci pour l'installation d'Alphafold3. Est-ce que vous pouvez indiquer le chemin pour le model ?
Car j'ai un message d'erreur avec la commande :
DB_PATH={{ no such element: dict object['path_bank_alphafold3'] }}
Merci,
Bonne journée.
j'ai trouvé. ça marche nickel avec :
run_alphafold.py
--input_dir=./AlphaFold3_ligand/input
--model_dir=/shared/bank/alphafold3/current
--db_dir=/shared/bank/alphafold3/current
--jackhmmer_n_cpu=$SLURM_CPUS_PER_TASK
--output_dir=./AlphaFold3_ligand/output
Par contre le folder mmcif_files est inaccessible :
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/shared/bank/alphafold3/current/mmcif_files/1jf0.cif'
Ca devrait être bon
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