Bonjour,
J'ai lancé l'étape findChrompeak merger et j'obtiens un document de 0 bytes et le message d'erreur est "argument list too long" du coup c'est le nombre de fichiers qui est trop élevé ou le nom des fichiers qui sont trop long ?
Bonjour,
Cela semble peu probable que ce soit du fait de la longueur des noms de fichier, car les premières étapes de ReadMSData auraient déjà signalé un problème de nom trop long.
Avez-vous la possibilité de partager votre historique ? Si vos données sont sensibles, vous pouvez m'envoyer un lien de partage par message privé.
Mélanie
Super pourrai-je avoir votre adresse mail d'utilisateur afin que je puisse vous le partager ?
Merci pour le partage de l'historique.
Je reviendrai vers vous dès que j'aurais pu investiguer la question.
Mélanie
Bonjour,
Comme suspecté, c'est bien le nombre de fichiers qui pose problème ici : avec 1440 fichiers (ce qui donne une command_line de 134 073 caractères) ça passe encore mais dès 1441 fichiers le job renvoie l'erreur du "argument list too long".
@team.galaxy une idée de s'il y a moyen de passer outre cette limite ? De mon côté je ne manipule habituellement que des dataset collection jusqu'à 1200-1300 fichiers, donc je n'avais jamais rencontré cette limite.
Arf ok, pas trop de solution côte configuration du serveur, il faudrait modifier l'outil galaxy, voire si ça ne suffit pas, modifier le logiciel lui même pour qu'il récupère la liste de fichiers à traiter d'une façon plus fiable quand on a beaucoup de fichier...