ASCATngs pour la recherche de CNV à partir de WGS

IFB Core Cluster Demande de logiciel ou de banque de données
1

Bonjour,

J'ai regardé les outils disponible sur le cluster pour la recherche de variations de nombres de copies du génome à partie de données WGS et je n'en ai pas vu. Un des outils utilisé par la communauté est ASCATngs (https://github.com/cancerit/ascatNgs). Serait-il possible que vous l'installiez?

Merci beaucoup et bonne journée,

Elodie

3

Bonjour Elodie,

Désolé pour ce retour tardif mais l’installation est bien en cours: https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/61

On reviens vers toi dès que c'est fait.

Bonne journée

4

Bonjour Elodie,

AscatNGS est maintenant disponible:

module load ascatngs/2.1.0 
ds-cgpwgs.pl -help

Merci @julien pour l'aide.

Bonne journée