Bonjour, je dois réaliser une analyse sur des données de RNAseq pour 80 échantillons, compresser au format fastq.gz les échantillons possèdent une taille de 108GB, et décompresser au format fastq une taille de 645GB.
Pensez vous qu'il serait possible d'obtenir une augmentation de stockage temporaire pour un jeu de données aussi volumineux ? Je ne me rends pas compte de l'extension nécessaire pour l'analyse (il s'agit de mon premier jeu de données de RNAseq).
En vous remerciant par avance.
Maxime GIRARD ( maxime.girard@univ-lyon1.fr)
Bonjour,
Oui, il est possible d'augmenter mais dans une certaine limite.
Est ce que la taille indiquée est par échantillon ou au total ?
Bonjour, merci pour la réponse rapide, la taille indiquée est pour l'ensemble des échantillons
@team.galaxy c'est possible ?
Bonjour Maxime,
Si tu ne sais pas de quelle quantité de stockage tu as besoin, pourrais-tu nous dire quelle analyse tu veut faire, assemblage/analyse diff ça nous permettrait d'estimer l'espace des fichiers intermédiaires et celui des fichiers finaux dont tu as besoin. Sinon encore mieux si tu as déjà fait l'analyse sur un des échantillon, tu peux nous dire combien prend ton historique pour cette analyse.
A noter :
- Il n'est pas forcément nécessaire de décompresser tes fichiers fastq car plein d'outils de Galaxy prennent en charge le format fastq.gz
- en général les fichiers finaux sont pas hyper gros (genre en général pour de l'analyse diff en RNA-seq, les fichiers intéressant à garder seront les fichiers BAM qui font qq GB et des quantifs, qui font qq MB)
Bonjour, j'ai essayé de démarrer l'analyse de mes fichiers en les conservant sous format fastq.gz, après contrôle qualité (FastQC + MultiQC) et trimming (Trimmomatic) mon quota disc a largement été expiré (381.6GB). Et une partie du trimming est encore en pause.
Il me reste encore a minima le mapping avec RNA Star (pour lequel j'ai importé un génome de référence et un index annoté).
Je ne sais toujours pas exactement quel espace est nécessaire (500 GB ?), mais je suis pour l'instant toujours bloqué.
Merci par avance pour votre aide.
@team.galaxy pensez vous qu'une augmentation de stockage temporaire pour régler ce problème est envisageable ? Merci par avance
Bonjour @maxime.girard, vous avez maintenant 500GB.
Tenez nous au courant lorsque vous n'aurez plus besoin de ce stockage supplémentaire.
Bonnes analyses
Thomas