Bonjour @dbenaben
Je rencontre cette erreur lorsque j'essaie de faire tourner une pipeline nextflow qui jadis fonctionnait
L'erreur pointe apparament sur des permissions que je n'aurais pas sur le dossier NXF_HOME
Warning: Couldn't create cached classpath folder: /shared/home/username/.nextflow/tmp/launcher/nextflow-one_24.04.4/cpu-node-104 -- Maybe NXF_HOME is not writable?
Nextflow 24.10.4 is available - Please consider updating your version to it
N E X T F L O W ~ version 24.04.4
ERROR ~ Unknown method invocation `cache` on _parse_closure5 type
-- Check '.nextflow.log' file for details
Voici le numero slurm: 44099088
Merci d'avance pour votre aide
Olivier
Bonjour,
Je ne suis pas du tout expert sur NextFLow, mais ne s'agit-il pas simplement d'un problème de configuration ?
Le dossier ne devrait pas être /shared/home/username/.nextflow/... mais /shared/home/ofeudjio/.nextflow/...
Y'a pas une erreur dans un fichier de config/pipeline qui traîne ?
J'ai pas trouvé de changement de note côté.
Sinon essayez peut-être de positionner al variable d'environnement ?
export NXF_HOME=$HOME
[edit] par défaut c'est
export NXF_HOME=$HOME/.nextflow
Bonjour @dbenaben
Oui le dossier de config est exactement celui là, j'ai juste changé en mettant username
J'ai rajouté cette option dans mon script mais j'ai toujours la même erreur
mkdir: cannot create directory ‘/shared/home/ofeudjio/tmp’: Disk quota exceeded
Warning: Couldn't create cached classpath folder: /shared/home/ofeudjio/tmp/launcher/nextflow-one_24.04.1/cpu-node-98 -- Maybe NXF_HOME is not writable?
Nextflow 24.10.4 is available - Please consider updating your version to it
N E X T F L O W ~ version 24.04.1
ERROR ~ Unable to create plugins dir: /shared/home/ofeudjio/plugins
-- Check '.nextflow.log' file for details
Ce n'est pas la même erreur.
Maintenant on a un Disk quota exceeded
En effet votre home directory a saturé en nombre de fichier (118433, quota de 100000).
Vous pouvez voir via status_bars (ou la commande lfs quota -h -p 163718 /shared/home/ofeudjio).
Je vous invite donc a faire du ménage (principalement dans le dossier .cpan et /.julia) et/ou déplacer les outils dans votre espace projet.
Et peut-être paramétrer NextFlow pour écrire également dans votre espace projet (via NXF_HOME ou autre)
Bonjour @dbenaben
Je me permets d'ouvrir ce sujet à nouveau car c'est après avoir supprimé les fichier .cpan et /.julia
J'ai cette erreur dans le même script et je ne comprends pas car c'est un script qui depuis 2 ans a toujours fonctionné:
/bin/bash: /root/.bashrc: Permission denied /bin/bash: /root/.bashrc: Permission denied Installing known registries into ~/.julia ERROR: IOError: mkdir("/shared/home"; mode=0o777): read-only file system (EROFS)
Merci pour votre aide
Bonjour @dbenaben
Help please 
Bonjour,
Avez-vous toujours l'erreur ?
Quelle est la commande que vous exécuté précisément ?
Bonjour @dbenaben
Après avoir supprimé les fichiers dans Julia comme vous m'aviez recommandé, je ne parviens plus à faire tourner des scripts nextflow avec singularity (ce qui était possible avant). J'obteins cette erreur:
/bin/bash: /root/.bashrc: Permission denied /bin/bash: /root/.bashrc: Permission denied Installing known registries into ~/.julia ERROR: IOError: mkdir("/shared/home"; mode=0o777): read-only file system (EROFS)
Actuellement je fais tourner ces scripts avec des modules existants sur le cluster mais j'aimerais pouvoir réutiliser mon image singularity 
Bonjour,
Difficile à dire avec juste cette erreur...
Il faudrait voir plus précisément votre script/nextflow/singularity, où ca bloque, etc.