Banque PhiX et Chloroplaste non disponible dans FROGS

Bonjour,
Dans l'outil FROGS Affiliation Filters il devrait y avoir à disposition des utilisateurs les séquences de contaminant phiX et chloroplaste, or elles ne le sont pas.
Les banques sont distribuées avec les wrappers.

les fichier .loc doivent être rempli avec les fichiers qui sont théoriquement ici:
<Galaxy_dir>/database/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/frogs/frogs/445b04a65ed8/frogs/tool-data
Vous pouvez en particulier copier-coller le fichier frogs_contaminant_db.loc.sample

Merci.

Hello @team.galaxy ,

Géraldine a du vous l'indiquer dans une mail, mais c'est le même problème pour la question de Cedric : Bug ? FROGSFUNC_step1_placeseqs - taxonomy marker manquant. Je le rajoute ici pour penser à le tenir au courant de la résolution du problème.

Les .loc ne sont pas remplis.

Pour vous faciliter la vie, est ce que vous avez des recommandations à me faire pour que ce soit automatique au moment de l'installation ?

a+

Maria

Bonjour @geraldinepascal et @mariabernard

J'ai mis à jour le fichier frogs_contaminant_db.loc sur usegalaxy.fr
Pouvez-vous confirmer que le problème est résolu ?

Bonne journée
Thomas

Bj @tchaussepied ,

J'ai beau me déconnecter/reconnecter je ne vois toujours pas apparaitre les bq de contaminant dans OTU_Filter. :frowning_face:

Les fichiers .loc n'avaient pas été correctement renseignés dans la conf galaxy.
C'est maintenant chose faite [Prod] : add frogs*.loc & change columns in tool_data_table_conf_local.xml (!574) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab

Bonne journée
Thomas