Bonjour,
Dans l'outil FROGS Affiliation Filters il devrait y avoir à disposition des utilisateurs les séquences de contaminant phiX et chloroplaste, or elles ne le sont pas.
Les banques sont distribuées avec les wrappers.
les fichier .loc doivent être rempli avec les fichiers qui sont théoriquement ici:
<Galaxy_dir>/database/shed_tools/toolshed.g2.bx.psu.edu/repos/frogs/frogs/445b04a65ed8/frogs/tool-data
Vous pouvez en particulier copier-coller le fichier frogs_contaminant_db.loc.sample
Merci.
Hello @team.galaxy ,
Géraldine a du vous l'indiquer dans une mail, mais c'est le même problème pour la question de Cedric : Bug ? FROGSFUNC_step1_placeseqs - taxonomy marker manquant. Je le rajoute ici pour penser à le tenir au courant de la résolution du problème.
Les .loc ne sont pas remplis.
Pour vous faciliter la vie, est ce que vous avez des recommandations à me faire pour que ce soit automatique au moment de l'installation ?
a+
Maria
Bonjour @geraldinepascal et @mariabernard
J'ai mis à jour le fichier frogs_contaminant_db.loc sur usegalaxy.fr
Pouvez-vous confirmer que le problème est résolu ?
Bonne journée
Thomas
Bj @tchaussepied ,
J'ai beau me déconnecter/reconnecter je ne vois toujours pas apparaitre les bq de contaminant dans OTU_Filter. 