Bonjour,
Lorsque je fais une "Batch_correction" après ma normalisation, certains "0" présents initialement dans ma Normalization_DataMatrix sont remplacés par des NA alors que d'autres ne le sont pas : pouvez vous m'expliquer ce qui différencie les 0 des NA (null intensities vs missing values) et pourquoi ces NA apparaissent seulement au moment de la correction de batch?
Bonjour Marion,
Quelle méthode as-tu utilisé pour ton Batch_correction ? J'imagine soit all_loess_pool, soit all_loess_sample (dans la mesure où dans le cas des 3 autres méthodes il y a un paramètre explicite pour les "unconsistant values").
Si c'est bien le cas, alors il est probable que ces NA soient issues du processus de correction qui a amené à des valeurs corrigées incohérentes avec les hypothèses des signaux (typiquement des valeurs négatives). Dans ce cas de figure, l'outil renvoie un NA plutôt que ces valeurs "abérantes". C'est donc différent des 0, car la valeur avant correction n'est alors pas nulle.
Est-ce que cela répond à ton interrogation ?
Mélanie
Bonjour Mélanie,
Oui j'ai utilisé "all loess sample".
Merci, cela répond parfaitement à mes interrogations!
Marion