Bonjour,
Je suis actuellement en train de faire le processing de mes données de LC-QTOF-MS. Je viens de supprimer mes blancs en supprimant tous les ions dans mes échantillons qui n'étaient pas 10X supérieurs à ceux retrouvés dans les blancs.J’arrive à l'étape ou je veux corriger la régression linéaire au sein de mes batchs ( j'ai deux batch que j'ai codé B1 et B2 dans ma samplemetadata). Comme j'ai 8 QC dans chaque batch j'ai sélectionné la méthode "loess" avec un span de 1 et je ne modifie aucun autre réglage. Je lance le module et à chaque fois (j'ai essayé d'autres méthodes et j'ai obtenu la même chose), j'obtiens ce même code erreur :
Pourriez vous m'indiquer ce que je fais de mal qui fait que le module n'arrive pas à tourner ?
Potentiellement l'erreur provient de ma sample metadata au cas ou ce soit elle qui soit mal codée. Je n'ai pas recommencé à 1 au début du batch 2 pour l'injectionOrder, et il manque désormais des numéros d'injections puisque les blancs ont été supprimés aussi de cette métadata, est ce que ce serait ça le soucis?
Merci beaucoup pour vos retours et votre aide
ANTONELLI Pierre
Bonjour,
L'erreur indiquée "No pool nor sample >0 in batch 1 of ion M100T1454" signifie que lorsque les intensités originales de l'ion M100T1454 ont été vérifiées, aucun des échantillons du batch 1 tagués comme des "pool" ou des "sample" dans la colonne de sampleType n'a d'intensité qui ne soit pas >0 (c'est à dire potentiellement que des "0" et des "NA").
Vous pouvez vérifier ce fait dans votre dataMatrix en combinant l'info avec votre sampleMetadata (si vous avez beaucoup d'échantillons, vous pouvez combiner ces deux fichiers avec l'outil "Table_merge" pour faciliter des filtres par exemple dans un tableur de type Excel). Un ion qui rencontre cette configuration ne peut de fait pas être corrigé, il est par ailleurs probablement inexploitable tout court. L'approche est alors de le supprimer de votre jeu de données, et de relancer votre analyse.
A noter que des configurations de batch avec des pools ou des samples entièrement à zéro sont détectables automatiquement en utilisant l'outil Intensity_check, en calculant les quartiles ou deciles par batch et en filtrant ensuite les ions avant au moins un batch avec le maximum à 0.
N'hésitez pas à revenir vers nous si vous avez besoin d'éclaircissement supplémentaires ou en cas de soucis rencontré.
Mélanie
1 « J'aime »
