Besoin de docker pour run Nextflow Metashot/mag-illumina?

IFB Core Cluster
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Bonjour,

J'essaye d'utiliser un workflow de Nextflow (Metashot/mag-illumina) pour assembler des MAGs mais j'obtiens l'erreur suivante :

Command error:
.command.run: line 98: docker: command not found

La ligne 98 du script est celle-ci :

docker run -i --cpu-shares 4096 --memory 4096m -e "NXF_TASK_WORKDIR" -v /shared/ifbstor1/projects/apis_mellifera:/shared/ifbstor1/projects/apis_mellifera -w "$NXF_TASK_WORKDIR" -u $(id -u):$(id -g) --name $NXF_BOXID metashot/bbtools:38.79-2 /bin/bash -ue /shared/ifbstor1/projects/apis_mellifera/2_Assembly/Contigs/work/12/cf2c539b8bf2b22e1f7c268a54dfe9/.command.sh

J'ai lu que pour des soucis de sécurité, vous ne pouvez pas installer docker sur le cluster, mais y a-t-il alors une autre solution pour faire tourner ce genre d'outils ?

Merci !

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Bonjour,

docker n'est pas installé mais il est tout à fait possible de passer par singularity / apptainer.

Il faut charger le module:

module load apptainer/1.3.6

Et lancer le container en suivant les explications:

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