Bonjour,
J'aurais besoin pour une formation du 6/12 au 8/12 (Hackathon inter-CATI OMICS à Aussois) d'utiliser RStudio server avec des packages spécialisés:
Ces packages sont disponibles sur Bioconductor (v3.16), et R (v4.2.2).
Est-ce possible d'avoir ces packages installés de manière persistente sur Rstudio server si je fais ma demande de ressources sur Galaxy TIaaS?
Merci par avance
Joseph
Hello Joseph,
As-tu fait une demande pour héberger cette formation ?
Pour Galaxy, cela peut se faire simplement via Galaxy TIaaS
Pour le reste (Cluster, RStudio, JupyterHUB), il faut faire une demande (et remplir un petit formulaire).
Cela nous permets de noter la formation (et d'éviter des coupures sur cette période ou de vous alerter en cas de problème) et de réserver des ressources si besoin.
Penses-tu utiliser le serveur RStudio (un serveur dédié mais partagé entre tous les utilisateurs) ou RStudio via JupyterHUB ? La deuxième solution me semble plus adapté de prime abord puisque chaque RStudio est alors indépendant (c'est un job sur le cluster).
Pour l'instant, la version de R par défaut positionné sur l'IFB est la v4.1.1.
Sur R v4.1.1, MOFA2 est installé en 1.4.0, mixOmics en v6.18.1.
iClusterPlus n'est pas dispo pour l'instant (mais on doit pouvoir le déployer).
Je suis dispo pour en discuter si besoin.
Bonne soirée
Je m'aperçois qu'on peut aussi utiliser RStudio via usegalaxy.fr maintenant...
@team.galaxy je vous laisse répondre du coup...
Salut @dbenaben
merci pour ton retour.
On en avait discuté entre nous, et on s'était dit que le Rstudio via usegalaxy.fr nous conviendrait bien pour l'atelier. Si on peut avoir iClusterPlus installé, je partirais bien sur cette solution.
J'attends votre retour.
Merci
@dbenaben
Je viens de déposer ma demande pour l'hébergement de la formation sur Galaxy TIaaS.
Salut,
Techniquement c'est faisable de faire un rstudio cutomisé avec ces packages, c'est ce qu'on a fait pour le rstudio "askor".
Par contre c'est un peu de boulot, donc on ne peut le faire que si c'est utile au delà de ce hackathon.
Salut @abretaud
Je pense raisonnablement que c'est utile au-delà du hackathon, il y a sans doute des tonnes d'outils pour intégrer des données, mais ceux proposés peuvent faire partie de la boîte à outils des analystes.
Si possible pour toi, le délai est assez court j'avoue 
, je suis pour avoir un rstudio "data-integration" avec ces packages préinstallés.
++
Joseph
Tu dois pouvoir faire toi-même une bonne partie du boulot :
Merci pour les infos, allons y gaiement 
Une fois que l'outil sera dispo, concernant ma demande d'hébergement de formation, sur usegalaxy.fr Rstudio pointera sur cet outil par défaut?
Bonjour,
Non, il faudra sélectionner votre Rstudio "NomQueTuLuiDonneras" comme c'est actuellement le cas pour Rstudio AskoR
Thomas
Bonjour @tchaussepied
Merci je comprends mieux comment les interactive tools fonctionnent maintenant dans galaxy.
Je travaille sur le conteneur, et je vous soumettrai l'ajout de l'outil le plus rapidement possible.
Joseph
J'ai suivi les étapes pour rajouter un RStudio DataIntegration.
Le conteneur docker est accessible sur dockerhub: tranjoseph/docker-galaxy-rstudio-data-integration
Et les merge requests pour:
- ajouter l'outil à galaxy: MR14
- ajouter l'outil à l'infrasctructure: MR685
Salut Joseph,
Ok je regarde ça aujourd'hui. Est-ce que le code de ton image docker est dipos sur un github quelque part ? Ça serait mieux pour savoir ce qui y tourne réellement et pouvoir proposer des modifs si besoin à l'avenir
Salut Anthony
Merci pour ton message. J'ai tout mis sur laforgemia: inter_CATI_omics / Docker Galaxy RStudio for Data Integration · GitLab
Joseph
Ton outil est en ligne, mais il ne démarre pas. Tu avais testé ton image en local avant ?
Ok, trouvé l'erreur : tu as basé tno image docker sur la version latest, mais les commandes de démarrage dans le xml de l'outil ne marchent pas sur cette version latest.
Pour aller au plus simple, tu peux juste te basser sur l'image 19.09 (docker-galaxy-rstudio-askor/Dockerfile at main · genouest/docker-galaxy-rstudio-askor · GitHub)
Merci @abretaud
J'ai pu corriger hier soir la version du rstudio, et en compilant l'image, j'ai du downgrader la version de bioconductor à 3.12 comme dans AskoR, que j'avais monté en 3.14 car pas compatible avec R 4.02.
J'ai testé l'image en local (localhost:8787), elle fonctionne.
Et j'ai pushé l'image, tag latest.
Est-ce que tu penses que le Rstudio DataIntegration pourra etre disponible pour le début de l'atelier?
Salut,
Je ne sais pas s'il est encore temps pour ton atelier, mais ça fonctionne maintenant
Bon hackathon !
Salut @abretaud
Merci pour ton aide.
On a commencé sur nos postes, on a réduit nos jeux de données en filtrant un peu pour que ça passe.
On basculera sur Galaxy dès que possible.
Joseph