Big-scape v1.1.4 failed Domains colors file was not found

IFB Core Cluster
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Bonjour,

J'utilise pour la première fois l'outil big-scape et il s'arrête après plusieurs heures de calcul avec l'erreur :
Domains colors file was not found. An empty file will be created
Traceback (most recent call last):
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bigscape-1.1.4/bin/bigscape.py", line 2747, in
color_domains = read_color_domains_file()
File "/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bigscape-1.1.4/lib/python3.6/site-packages/ArrowerSVG.py", line 80, in read_color_domains_file
color_domains_handle = open(domains_color_file, "a+")
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bigscape-1.1.4/lib/python3.6/site-packages/domains_color_file.tsv'

Dans le github de cet outil, il y a bien ce fichier : BiG-SCAPE/domains_color_file.tsv at master · medema-group/BiG-SCAPE · GitHub mais il semble absent dans votre installation. J'ai cherché si je pouvais lui indiquer une autre location sans succès. Serait-il possible de copier ce fichier dans ce répertoire : /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bigscape-1.1.4/lib/python3.6/site-packages/ ?
merci,

Emmanuelle

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Bonjour Emmanuelle,

C'est fait.

J'ai aussi lancé une installation dans la nouvelle version voir si c'est mieux:

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Job en erreur, car tu as copié le fichier dans /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bigscape-1.1.4/lib/python3.6/site-packages/BiG-SCAPE/ et le programme cherche dans site-packages.

E.

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Désolé. C'est corrigé.

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Hello,

La nouvelle version est disponible et résouds normalement le soucis (corrigé à partir de la version 1.1.5: BiG-SCAPE 1.1.5 · medema-group/BiG-SCAPE@8552350 · GitHub).

module load bigscape/1.1.9

A+

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Salut,

Le job a fini avec la nouvelle version.
merci,

E.

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Salut,

Lorsque je veux utiliser l'option --mibig j'ai l'erreur suivante :
PermissionError: [Errno 13] Permission denied: '/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bigscape-1.1.9/lib/python3.7/site-packages/bigscape/Annotated_MIBiG_reference/MIBiG_3.1_final'

D'après le manuel, il est indiqué que lors de la première utilisation il est nécessaire de dézipper les fichiers dans le répertoire /shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bigscape-1.1.9/lib/python3.7/site-packages/bigscape/Annotated_MIBiG_reference/. Si c'est trop gros ne dézipper que le fichier MIBiG_3.1_final.zip
merci,

Emmanuelle

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Salut,

Faute de mieux pour l'instant, j'ai dézippé MIBiG_3.1_final.zip

Fais moi signe si ca coince toujours.

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Salut,

Euh, tu as dézippé le MIBiG_1.3_final et non le MIBiG_3.1_final qui est le plus récent.
merci,

E.

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Corrigé... Désolé. Je m'en vais de ce pas prendre quelques congés :slight_smile:

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C'est tout bon pour moi !