Biosphere noyau Bash plante Jupyter Notebook

Bonjour!
Nous préparons une formation Nanopore et on a crée une VM docker sur Biosphere contenant jupyter notebook.

Depuis plus d'une semaine on a des problèmes: le noyau bash plante quand on est sur jupyter.

erreurs :
connexion au noyau faible.
La connexion au serveur de notebook ne peut pas être établie. Le notebook va continuer ses tentatives. Vérifiez votre connexion réseau ou les paramètres du serveur de notebook

Pourriez vous nous aider svp?
Merci
Julie

Bonjour
On a résolu le problème en installant jupyter lab au lieu du jupyter notebook dans le Dockerfile.
puis en activant l'env jupyter lab. https://github.com/SouthGreenPlatform/training_ONT_VM/blob/2021/Dockerfile

FROM jupyter/datascience-notebook
USER root
RUN apt update
RUN apt install -y python3-all-dev python3-pip python3-venv
RUN apt install -y python3-pyqt5 pyqt5-dev-tools qttools5-dev-tools
RUN pip install PyQt5 ete3 owlready2 pyproteinsExt ipympl jupyterlab

#Adding dedicated kernel
RUN python3 -m pip install --upgrade ipython
RUN python3 -m pip install bash_kernel
RUN python3 -m bash_kernel.install

ENV JUPYTER_ENABLE_LAB=yes

Merci

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