Bonjour
Depuis quelques jour j'essaie de lancer des blastp et blastx et diamond blast mais aucun ne marche à cause des erreurs suivants :
memory limit (2833680 > 2048000), being killed
srun: Exceeded job memory limit
srun: Job step aborted: Waiting up to 32 seconds for job step to finish.
slurmstepd: error: *** STEP 14330307.1 ON cpu-node-6 CANCELLED AT 2020-12-05T15:09:14 ***
srun: error: cpu-node-6: task 0: Killed
srun: error: cpu-node-6: task 0: Exited with exit code 137
Ma commande est la suivante :
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err
#SBATCH --cpus=8
#SBATCH --mem 100GB
module load diamond/0.9.28
srun diamond blastp -d /shared/mfs/data/bank/nr/nr_2020-7-19/diamond/nr -q 546_rename.fasta -a D546_diamond_blastp -t tmp -e 1E-05 --sensitive
Pour diamond blast
#!/bin/bash
#
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err
#SBATCH --cpus=40
#SBATCH --mem 100GB
module load blast/2.9.0
srun blastp -db /shared/mfs/data/bank/nr/nr_2020-7-19/blast/nr -query 561_rename.fasta -outfmt 11 -out D561.blastp -evalue 1E-05 -max_target_seqs 10
pour blast
#!/bin/bash
#
#SBATCH -o slurm.%N.%j.out
#SBATCH -e slurm.%N.%j.err
#SBATCH --cpus=10
#SBATCH --mem 40GB
module load blast/2.9.0
srun blastp -db /shared/mfs/data/bank/nr/nr_2020-7-19/blast/nr -query 561_rename.fasta -outfmt 11 -out D561.blastp -evalue 1E-05 -max_target_seqs 10
Sur les 2 commandes,j'ai déja essayé 10, 20, 30...200 GB de mémoire mais rien ne marche.
Je ne sais pa si c'est lié à mon compte ou autre,étant donné aussi que je dois mettre à jour mon compte (pas encore fait).
Merci d'avance et bon week-end à vous