Bonjour @team.bank @team.galaxy,
Serait-il possible d'installer la dernière version des banques Swissprot et trEMBL (2023) pour l'outil blast sur usegalaxy.fr : Index of /pub/databases/uniprot/current_release/knowledgebase/complete ?
PS : Je veux bien le faire à travers usegalaxy.fr · GitLab si c'est possible, mais je ne vois pas où.
Merci!
Loraine
Salut,
Visiblement la release 2023_03 n'était pas pas sur le cluster.
Je suis en train de les télécharger. et quand c'est fini je les mets sur usegalaxy
Thomas
ok. Merci Thomas !
Re-bonjour Thomas,
Pourras-tu me tenir au courant quand tu auras installé les banques sur le cluster puis dans galaxy stp ?
(Dis-moi si je peux aider (makeblastdb, MR gitlab pour usegalaxy...))
merci!
Loraine
Ho pardon
Je l'avais lancé et je n'ai pas vu que le téléchargement avait planté.
Je viens de relancer
et voici la MR associée : fix w4m welcome (!82) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
désolé
ok, merci!
Salut @lgueguen,
J'ai reçu un galaxy tool error report me disant que la banque n'était pas bien installée.
Est ce que tu pourrais confirmer ou infirmer cette information ?
Thomas
Je demande à l'utilisateur.
sa réponse :
je peux confirmer qu'il y a un problème pour blaster contre uniprot 2023. D'après le message d'erreur, le problème vient de la base de données.
Je viens de tester également :
BLAST Database error: No alias or index file found for protein database [/shared/bank/uniprot/uniprot_2023_02/blast/uniprot] in search path [/shared/ifbstor1/galaxy/jobs/003/205/3205766/working::]
Il faut que tu pointes vers /shared/bank/uniprot/uniprot_2023_02/blast/uniprot_2023_02 je pense (en admettant que cette banque contienne bien swissprot et trembl)
Privilégier /shared/bank/uniprot/current/ pour toujours utiliser la dernière version installé.
Privilégier /shared/bank/uniprot/current/
exact 
enfin, non, pas dans ce cas, parce qu'on veut cette version précise dans galaxy : production/files/tool-data/blastdb_p.loc · preprod · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
NB : /shared/bank/uniprot/uniprot_2021_02/blast/uniprot fonctionnait parce qu'il y a effectivement un fichier uniprot.pal (alias) qui avait été ajouté. Pour la 2023, je pense que l'on peut s'en passer parce que la version complète (swissprot + trembl) de la banque existe déjà sous la forme uniprot_2023_02 a priori (même si un alias type .pal comme pour la 2021 aurait probablement évité de la redondance de données)
ok c'est noté
Bonjour @tchaussepied
As-tu pu modifier le chemin de la banque ? L'erreur est toujours la même.
Loraine
Salut @lgueguen,
je viens de le faire 
correction of uniprot 2023 path (!867) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / usegalaxy.fr / infrastructure · GitLab
ok, merci! Pourrais-tu me tenir au courant quand ce sera en prod stp ?
oui pas de pb