Bonjour
ça fait un moment que j'ai pas lancé de script sur le serveur, j'ai essayé de lancer un 'simple' srun bowtie
srun bowtie -q -v 0 -S -a ./samples/sample1.fq | samtools sort | samtools view -b -o ./bowtie/multi_no_mismatch.bam
Et quand je le lance j'ai une erreur :
slurmstepd: error: execve(): bowtie: Permission denied
J'ai fait quelque chose qui va pas ? (et oui j'ai load le module avant)
Merci à vous et bonne journée !
Bonjour
J'ai vu dans un autre sujet que l'enchainement de commandes dans une commande srun pose souci, car si la première commande est bien exécutée sur le node de travail, les suivantes le seront sur le login node.
L'enchainement se fait avec une commande sbatch et --wrap :
sbatch --wrap "command1 | command 2 | commande 3"
Je ne sais pas si ça peut résoudre votre problème...
Bonne journée
Merci pour votre réponse, j'ai essayé avec le wrap, ça ne marche pas et au cas où j'ai enlevé les commande samtools et gardé que ma première commande avec bowtie et j'ai encore le Permission denied..
Bonjour,
Merci @scaburet, c'est en effet ce qu'il faut faire 
@JulieM, il y a tout de même un soucis avec le package bowtie/1.2.3, il n'a pas du aimer la migration vers la nouvelle infra de stockage. Je le régénère de suite.
Fix:
$ module load bowtie/1.2.3
$ srun bowtie --version
/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/bowtie-1.2.3/bin/bowtie-align-s version 1.2.3
Bonjour
Effectivement, j'ai pu lancer mon bowtie, merci pour le fix !
Merci pour vos réponses et bonne journée !