Bonjour,
Je voudrais simplement vous informer que, pour le moment, les versions 2.0.0 et 2.0.1 de l'outil "Intensity Check" présentent un bug.
En effet, avec ces versions, lorsque l'on demande le calcul du mean fold change, la colonne "fold_Other_VS_blank" n'est pas présente dans le .tsv VariableMetadata en output.
J'ai testé avec la version 1.3.0 et tout fonctionne bien.
Bonne journée,
Jason
Bonjour,
En effet il y a quelques soucis avec les versions 2.0.0 et 2.0.1 de cet outil. Sachant que ces deux versions n'étaient pas censées apporter de correctif ni de nouveau contenu à l'outil, je vous invite à utiliser la version 1.3.0 en attendant qu'un correctif soit apporté pour une nouvelle version.
@team.galaxy Pensez-vous qu'on puisse manuellement retirer les versions 2.0.0 et 2.0.1 de l'instance en attendant que je corrige l'outil ? A minima la 2.0.0 devrait pouvoir être retirée peut-être ?
Mélanie
@melpetera Done
Super, merci !
Bonjour,
Le bug souligné par Jason cet été existe toujours.
Les 3 versions d’Intensity Check proposées sur l’interface sont 1 x la 2.0.0 et 2 x la 2.0.1 et toutes buggent, en ne donnant pas la colonne "fold_Other_VS_blank" en sortie.
Et il n’y a plus la 1.3.0 pour contourner le problème…
Avez-vous une solution ?
Merci beaucoup.
Marjolaine
Bonjour,
Je constate en effet que la 2.0.0 et la 2.0.1 sont revenues, j’imagine à cause de la procédure de mise à jour automatique depuis le toolshed. @gildaslecorguille serait-il possible d’au moins enlever la version 2.0.0 qui crée un duplicat ? (si la 2.0.1 reste, la 2.0.0 ne devrait pas se réinstaller automatiquement j’imagine ?)
Concernant la version 1.3.0, je la vois toujours de mon côté donc je ne sais pas trop pourquoi Marjolaine vous ne la voyez pas ? Je vous mets le lien direct ici, mais au besoin vous pouvez y accéder depuis la version 2.0.1 en utilisant le bouton de version d’outil (voir image ci-dessous)
Pouvez-vous me confirmer que vous y avez bien accès ?
A noter que j’ai avancé sur une nouvelle version de l’outil qui règlera le soucis, mais je ne pense pas qu’elle sera à disposition sur usegalaxy.fr avant décembre… Du @gildaslecorguille , est-ce que suite à la réinstallation automatique des versions 2.0.0 et 2.0.1 c’est ok si je dépose une version 2.0.2 sur le Toolshed qui est juste la 1.3.0 renommée ? Car c’est contraignant pour les utilisateurs si à chaque fois la 2.0.1 revient…
Désolé.
J’avais en effet supprimer les 2 versions 2.0.0 et 2.0.1 de l’instance et changer au niveau conf. Mais ça n’avait pas été mergé après review.
Ca devrait être bon. Je crois… à surveiller lors du prochain merge de MAJ (@tchaussepied )
Mais oui, une version 2.0.2 serait la bienvenue. On ne peut pas invalider 1 version précise dans le ToolShed.
Bonjour,
Merci pour vos retours.
J’ai bien accès à la version 1.3.0 en utilisant le bouton de version d’outil (je n’avais pas l’habitude de regarder ce bouton…), et j’ai bien la bonne colonne qui est calculée et dont je peux me servir ensuite avec mon generic filter.
Merci beaucoup !
Bonne journée
