Bonjour,
Depuis quelques jours je n'arrive plus à lancer de job avec la commande sbatch. J'ai l'impression que cela s'arrêt immédiatement sans même de fichier slurm de sortie. Je n'ai pourtant pas modifié les chemins de fichiers et vérifié plusieurs fois.
De plus, lorsque j'utilise RStudio j'ai souvent du mal à loader les scripts ou objets : "no such file directory" alors que les fichiers existent bien.
S'agit il d'un problème spécifique à mon compte ? Auriez vous une suggestion avec de solutionner le problème ?
Merci beaucoup.
Bonjour,
Si les jobs s'arrêtent immédiatement, c'est souvent un problème dans le script (paramètre SBATCH mauvais, chemin inexistant, etc). Il nous faut plus d'information pour étudier ça (jobid, chemin du script ou le script, etc).
Mais dans votre cas, cette erreur et les erreurs RStudio (problème pour charger les données) sont probablement dû à la saturation de votre "home directory".
En effet, vous utiliser seulement 3.8G sur les 100Go de quota, mais avez 101772 fichiers sur un maximum autorisé de 100k.
Pour visualiser ce quota, vous pouvez faire: lfs quota -h -p 162699 /shared/home/msroussi
C'est souvent dû aux environnement conda (conda utilise de nombreux fichiers / hard links).
Je vous invite donc à faire du ménage dans votre home et/ou à déplacer les données dans vos espaces projets.
Merci beaucoup ! Effectivement je fais régulièrement du tri mais je n'avais pas vu qu'il y avait autant de fichiers "cachés" (non visibles de la console rstudio) dans ce dossier, qui plus est par un pck que je n'ai pas réussi à utiliser. Le souci a l'air résolu. Merci beaucoup !
Parfait. Bonne journée