Camera-Diffreport impossible

Bonjour, il m'est impossible de générer un Diffreport lors du process CAMERA.annotate (avec 2 ore more conditions). Fatal error: Exit code 1 ()
Voulez-vous que j'indique la totalité du message d'erreur ?

Bonjour @murielle.gaugain,

Oui svp, ajoutez le message d'erreur complet.

En parallèle, pouvez-vous partager votre historique avec moi ?

Yann

Bonjour, voici la suite :
Tool generated the following standard error:
Note: you might want to set/adjust the 'sampclass' of the returned xcmSet object before proceeding with the analysis.
Loading required package: Rmpi

Attaching package: 'snow'

The following objects are masked from 'package:BiocGenerics':

clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, clusterSplit, parApply, parCapply,
parLapply, parRapply, parSapply

The following objects are masked from 'package:parallel':

clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, clusterSplit, makeCluster, parApply,
parCapply, parLapply, parRapply, parSapply, splitIndices,
stopCluster

Error in .local(object, cor_eic_th, pval, graphMethod, calcIso, calcCiS, :
At least one of calcCiS or calcCaS has to be TRUE.
Calls: annotatediff ... annotate -> annotate -> groupCorr -> groupCorr -> .local
Execution halted

Bonjour @murielle.gaugain,

Merci poru l'historique partagé, je vois que le message dit "calcCiS or calcCaS has to be TRUE" et du coup il faut que vous cochiez à minima une des deux options :
[calcCiS] groupCorr: Use isotopic relationship for peak grouping Yes ou alors
[calcIso] groupCorr: Use correlation across samples for peak grouping Yes.

ceci devrait résoudre le problème
Bonne journée
Yann

Bonjour, j'ai testé en modifiant calcCis ou/et calclso, mais celà bloque toujours.
Le message est maintenant le suivant (j'ai effectué un FillChromPeaks avec remplacement des "NA" par "0" ou sans . J'ai testé les 2 mais celà mène au même message d'erreur :

Tool generated the following standard error:

Note: you might want to set/adjust the 'sampclass' of the returned xcmSet object before proceeding with the analysis.
Loading required package: Rmpi

Attaching package: 'snow'

The following objects are masked from 'package:BiocGenerics':

clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, clusterSplit, parApply, parCapply,
parLapply, parRapply, parSapply

The following objects are masked from 'package:parallel':

clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ,
clusterExport, clusterMap, clusterSplit, makeCluster, parApply,
parCapply, parLapply, parRapply, parSapply, splitIndices,
stopCluster

Provided scanrange was adjusted to 1 - 3563
Create profile matrix with method 'bin' and step 0.1 ... OK
Applying retention time correction to F_P3.mzML.
Error in profmat[imz[1]:imz[2], irt, drop = FALSE] :
subscript out of bounds
Calls: annotatediff ... .local -> profEIC -> cbind -> colMax -> is.data.frame
In addition: Warning messages:
1: Use of 'xcmsClusterApply' is deprecated! Use 'BPPARAM' arguments instead.
2: In .local(object, ...) :
NA values in xcmsSet. Use fillPeaks() on the object to fill-in missing peak values. Note however that this will also insert intensities of 0 for peaks that can not be filled in.
Execution halted

J'ai retravaillé sur un Workflow que je vais partager. Le même message d'erreur apparait pour le diffReport.

J'ai progressé un peu... J'arrive produire une diffReport table quand je saisis "2 or more conditions" mais par contre, impossible de créer les EICs...
Avez-vous une idée de ce qui peut bloquer ?

Error in profmat[imz[1]:imz[2], irt, drop = FALSE] :
subscript out of bounds
Calls: annotatediff ... .local -> profEIC -> cbind -> colMax -> is.data.frame

Bonjour @murielle.gaugain

Mon collègue @JFMartin propose de vous aider directement si vous pouvez partager avec lui votre historique. Il vous contactera par email.

Une des pistes pourrait être le nombre de features peut-être inférieur à un seuil de CAMERA

Bonne journée

Ok, merci Yann

Bonjour Yann, j'ai le même problème que Murielle avec Camera, mais sur un autre historique, mon Diffreport est vide et pas de Foldchange dans ma table.. J'ai refait des tas de fois en modifiant les paramètres. Je vais voir avec Murielle comment son problème s'est résolu , sinon je renvoie un message, merci.

Bonjour,
n'hésitez pas à me partager vos historiques avec mon adresse mail
jean-francois.martin@inrae.fr