*** caught bus error *** address 0x14b3de3f2d30, cause 'non-existent physical address'. An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ... srun: error: cpu-node-94: task 0: Bus error (core dumped)

IFB Core Cluster Support IFB Core Cluster
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1

Bonjour,

Certains de mes jobs s'arrêtent à cause de cette erreur:

*** caught bus error ***
address 0x14b3de3f2d30, cause 'non-existent physical address'

Traceback:
1: which(map$X == snp_NEI)
2: [.data.frame(map, which(map$X == snp_NEI), "chr")
3: map[which(map$X == snp_NEI), "chr"]
4: doTryCatch(return(expr), name, parentenv, handler)
5: tryCatchOne(expr, names, parentenv, handlers[[1L]])
6: tryCatchList(expr, classes, parentenv, handlers)
7: tryCatch({ my script }}, error = function(e) { print(paste(i, j, "Error in iteration"))})
An irrecoverable exception occurred. R is aborting now ...
srun: error: cpu-node-94: task 0: Bus error (core dumped)

1-2-3 sont dans tryCatch({ my script }}

Sauriez-vous comment je pourrais résoudre ce problème?

Merci d'avance

2

Bonjour Laura,

C'est une erreur d'accès mémoire, par exemple lorsque qu'on essaie d'accéder à un index de tableau qui n'existe pas.
Je ne saurais en en dire plus... essayer de faire des tests pour comprendre d'où vient le problème.
Et n'hésitez pas à nous partager votre solution ici-même.