Cellpose : question sur l'installation

Bonjour,

Il y a quelques temps j'ai installé Cellpose 1.0. Cependant il y a quelques point que j'aimerais voir avec vous :
Le fichier env.yml ne précise pas les versions pour certains outils (dont cellpose lui même), je suppose que c'est un souci. Je peux juste modifier le fichier et faire une MR ?
C'est la version optimisée pour le gpu qui est installée, cependant il y a un bug dans le code (j'ai créé une issue sur leur github) qui fait planter l'outil si l'image est trop grosse. J'aimerais donc en profiter pour mettre à jour vers la version 2.0 mais sous une forme cpu optimisée (même si c'est plus long au moins ça marche toujours). Est ce qu'il vaut mieux nommer l'outil différemment (par exemple cellpose_cpu/2.0 ) ou bien le laisser dans cellpose/2.0

Merci par avance.

@team.software je me permet de relancer

Bonjour Quentin,

Désolé pour la réponse tardive.

Je vois quel le déploiement de cellpose 1.0 sur le dépôt tools ne précise effectivement pas la version de cellpose à déployer. C'est clairement un soucis qui a échappé à notre vigilance et qu'il faut corriger.

En ce qui concerne le nommage des versions, quand une version spécifique GPU est disponible, on essaie de la préciser dans le numéro de version (par exemple guppy/6.1.1-gpu ou cryolo/1.7.4-gpu). On ne le précise pas pour la version CPU.

Je vois qu'il existe également un package conda pour cellpose (bizarrement dans conda-forge et non dans bioconda :thinking:). J'ai fait un test rapide, et je vois que les dépendances semblent bien en place (pytorch, numpy, etc.). Par contre, pas de référence à cudatoolkit donc il pourrait s'agir d'une version CPU uniquement.

J'ai regroupé ces modifications ici : Cellpose cleanup and new version (!850) · Merge requests · Institut Français de Bioinformatique / Cluster / tools · GitLab
Prêt à fusionner si un collègue de l'équipe peut faire une revue.

Julien

Cellpose 2.0.5 version CPU est désormais dispo sur les clusters.
Merci @dbenaben

Julien