Cgroup out-of-memory

IFB Core Cluster
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Bonjour,

J'essaie de lancer un job mais j'ai cette erreur :

error: Detected 1 oom-kill event(s) in step 19023447.batch cgroup. Some of your processes may have been killed by the cgroup out-of-memory handler.

J'ai seulement mis ces options:

#SBATCH --mem 250GB
#SBATCH --partition=long

Est ce possible de quand même lancer mon job ? Quelles options puis je rajouter ? utiliser la partition bigmem ?

Merci d'avance pour votre aide,
Mathilde

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Bonjour Mathilde,

Vous avez maintenant accès à la partition bigmem pour le projet rna_seq_hct116.
N'oubliez pas de demander explicitement la partition bigmem et de préciser le projet (account dans la terminologie slurm) associé (rna_seq_hct116).

#SBATCH --mem 250GB
#SBATCH --account=rna_seq_hct116
#SBATCH --partition=bigmem

Bonne journée

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Super, merci beaucoup! :smiley:

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Bonjour,

J'ai de nouveau ce problème, mais pour le projet motion.
Est-il possible de me donner accès à la partition bigmem svp ?

Merci d'avance,
Mathilde

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Bonjour Mathilde,

Êtes vous sûr de vos paramètres (--mem surtout)?
Je ne vois qu'un seul job "out of memory" mais ce dernier ne requérait que 2Go de mémoire.