Chargement de modules sans version et traçage des versions

Hello,

Pour ma première utilisation du cluster de l'IFB, je me suis également frotté pour la première fois à l'utilisation de Nextflow / Singularity.
J'ai suivi les reco de l'IFB pour le chargement des modules nextflow, singularity et openjdk sans précisé la version.

Ce que je comprends c'est que cela permet de charger la dernière version dispo. C'est bien ça?

Petite remarque simplement pour singularity, le chargement du module sans version (qui est par ailleurs remonté par module avail contrairement à nextflow ou openjdk) est plus à jour que les modules dispo avec version.

  • Pour singularity (en train de se renommer apptainer si j'ai bien compris)
mbernard@cpu-node-36:~$ module avail singularity
-------------------------------------------------------------- /shared/software/modulefiles ---------------------------------------------------------------
singularity  
mbernard@cpu-node-36:~$ 
mbernard@cpu-node-36:~$ module load singularity
mbernard@cpu-node-36:~$ singularity --version
apptainer version 1.4.0
mbernard@cpu-node-36:~$ 
mbernard@cpu-node-36:~$ module avail apptainer
-------------------------------------------------------------- /shared/software/modulefiles ---------------------------------------------------------------
apptainer/1.3.6  
mbernard@cpu-node-36:~$ 

Votre recommandation serait de charger les modules sans version et de tracer ensuite la version chargée?

Bonne journée

Maria

Bonjour Maria,

Il y a débat.

  • Charger les modules avec version permets de connaître rapidement la version et de la fixer (i.e. une nouvelle version pourrait apparaître lors du traitement des données)
  • Charger les modules sans version et tracer ensuite la version chargée, permets d'être plus générique (on dépends moins de la version précise installée sur le cluster X).

@team.ifbcorecluster un avis ?

Pour singularity/apptainer :

  • Nous pouvons raisonnablement considérer que ça ne change pas le résultat du calcul.
  • Nous avons pour plan d'installer apptainer via Conda et donc disposé de version :wink:

Pour Nextflow, je recommanderais de préciser la version. J'ai vu des WF Snakemake qui ne deviennent problématique avec les montées en version.
Peut-être plus sur l'environnement (cluster, ...) que sur l'expressivité des WF eux-mêmes ?