Chargement des librairies dans RStudio

J’ai ajouté ComplexHeatmap à l’environnement conda du_bii_m3_stat_r, il a apparemment été validé et on le trouve en ligne de commande

[jvanhelden@clust-slurm-client ~]$ conda list -n du_bii_m3_stat_r-2019|grep complex
bioconductor-complexheatmap 1.20.0 r351_0 bioconda

Idem pour le package vioplot (dont j’aurais besoin ce matin).

Par contre quand j’essaie de le charger sous RStudio je ne le trouve pas.

Je suppose que RStudio ne charge pas les packages du module 3 (ce qui est logique, il a une fonction générique).

Y a-t-il un endroit où on peut indiquer la liste des packages R à installer sous RStudio pour tous les utilisateurs ?

Merci

Jacques

Les env conda et rstudio sont en effet décorrélé.

Pour ajouter un package dans rstudio, nous procédons aussi via ansible mais nous devons sortir ce mécanisme reste des playbooks d’admin du cluster pour le rendre participatif. C’est dans nos TODOs :slight_smile:

Nous te tenons au courant dès que c’est fait pour t’inviter à participer.

complexheatmap et vioplot sont tous deux maintenant disponibles sur RStudio

C’est fait @jvanhelden
Nous avons maintenant un repo ouvert et dédié à l’installation de package sur RStudio : https://gitlab.cluster.france-bioinformatique.fr/taskforce/rstudio-packages