Chunck bash RMD problème

IFB Core Cluster
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Bonjour,
Lorsque je crée un JUPYTER NOTEBOOK ce dernier permet l'usage de chunck bash et les commandes ci dessous fonctionne :
%%bash
module avail

%%bash
module load plink
plink -version

Mais quand j'ouvre un fichier Rmd avec des chuncks bash integrés ces commandes ne fonctionnent pas.

Pourtant si ce Rmd et ce Jupyter-notebook sont executés en local les deux commandes fonctionnent parfaitement bien. J'aimerais donc savoir comment permettre l'éxecution des chuncks bash d'un Rmd de façon similaire au chunck bash d'un jupyter notebook.

Voici ci-joint un exemple d'erreur engendré par les deux dernières lignes de commande :
/tmp/RtmphwgXI2/chunk-code-36458f6a5bce7c.txt: line 1: module: command not found
/tmp/RtmphwgXI2/chunk-code-36458f6a5bce7c.txt: line 2: plink: command not found

Merci par avance pour votre aide.

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Bonjour,

Les codes bash ("cell magics") au sein d'un notebook avec un kernel R ne fonctionne pas (FAQ · IRkernel).
Ce n'est pas le même noyau qui est utilisé sous python qui lui interprète ces cellules (Built-in magic commands — IPython 8.23.0 documentation).
Ce n'est pas non le même environnement que sous RStudio.

Je ne connais pas de moyen de charger un module bash pour l'exécuter par la suite dans un RMarkdown.
Mais ce sont bien deux choses différentes. Je ferais donc 2 scripts différents. Un pour lancer mes traitements en bash (plink), un autre pour analyser (Rmarkdown).

Bonne journée