Commande conda disparue?

IFB Core Cluster
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Bonsoir,
J'avais l'habitude d'accéder à l'excellent seqkit via conda, mais depuis une heure la commande conda retourne un inexplicable :

[phingamp@clust-slurm-client ~]$ conda --help
-bash: conda : commande introuvable

ou alors j'ai fait une bourde dans mon environnement, mais c'est quand même étrange car:

[phingamp@clust-slurm-client ~]$ which conda
/usr/bin/which: no conda in (/shared/software/miniconda/envs/blast-2.9.0/bin:/shared/software/miniconda/bin:/shared/mfs/data/software/miniconda/bin:/shared/software/sinteractive:/shared/software/modules/4.1.4/bin:/usr/local/bin:/usr/bin:/usr/local/sbin:/usr/sbin:/opt/go/1.14.4/bin:/opt/go/packages/bin:/shared/home/phingamp/.local/bin:/shared/home/phingamp/bin)

Je confirme par un "find" que je ne trouve "conda" nulle part :frowning:

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J'ai aussi des soucis avec conda:

[mhennion @ clust-slurm-client 09:28]$ hennion : module load conda
[mhennion @ clust-slurm-client 09:29]$ hennion : conda env list
Traceback (most recent call last):
  File "/shared/software/miniconda/bin/conda", line 12, in <module>
    from conda.cli import main
ModuleNotFoundError: No module named 'conda.cli'

Ainsi que pas mal de soucis de connexion depuis 2-3 jours.
Merci de votre aide!!

Magali

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Bonjour,

En effet, on a eu un petit souci pendant la nuit (Toujours le FS).

Une des conséquences de ce souci était l'indisponibilité du binaire conda.

Dans ce genre de cas, à la place de

conda list

vous pouvez utilisez:

module avail

Comme indiqué dans notre documentation:
https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/module/

Merci !

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OK merci beaucoup!
En fait j'appelais conda dans un workflow snakemake, sinon j'utilise bien module avail. Ca marche bien à présent.

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Merci à @julien, vendredi dernier, nous avons réinstallé Conda sur l'ancien et ça fonction de nouveau.