Nous disposons maintenant d'un tas de logiciels disponibles via module, soit à titre individuel (module load tophat) soit au sein de bouquets logiciels thématique, généralement associés à une formation (module load eba_chipseq/2018).
Existe-t-il un moyen de chercher un logiciel dans l'ensemble des modules installés ?
Pour trouver un logiciel dans les modules individuels, on peut utiliser
module avail -l | grep [nom_du_logiciel]
mais ceci ne permet pas de savoir si le logiciel existe déjà dans un bouquet thématique.
Autre question: comment fait-on pour connaître la liste des outils disponibles au sein d'un bouquet logiciel (je suppose que dans la nomenclature de module un bouqet correspondent à ce qu'ils appellent "collection") ?
Un exemple (cas d'étude) : l'outil deeptools est disponible soit dans un module indépendant, soit dans le module eba_rnaseq_ref/2018. SI un utilisateur cherche deeptools et découvre qu'il existe au sein d'un bouquet logiciel, il pourrait ensuite se demander quels sont les outils disponibles dans eba_rnaseq_ref et se dire que ce bouquet correspond à ses besoins, et lui simplifie la vie plutôt que de devoir charger chaque outil individuellement (ou créer sa propre collection).
Merci
Jacques