Nous préparons sur le serveur RStudio un R markdown pour le cours de DUBii, et la compilation fonctionne bien en HTML, mais pas en pdf.
Voici le message d'erreur. Y a-t-il moyen de régler l'export pdf ?
Merci
Olivier Sand & Jacques van Helden
output file: prepare-data_pavkovic_2019.knit.md
/usr/lib/rstudio-server/bin/pandoc/pandoc +RTS -K512m -RTS prepare-data_pavkovic_2019.utf8.md --to beamer --from markdown+autolink_bare_uris+tex_math_single_backslash --output prepare-data_pavkovic_2019.tex --table-of-contents --slide-level 2 --variable theme=Montpellier --variable colortheme=dolphin --variable fonttheme=structurebold --highlight-style tango --pdf-engine pdflatex --self-contained
! LaTeX Error: File `figures/mouse-kidney_box plots-1' not found.
! pdflatex: /shared/software/miniconda/envs/r-3.6.3/lib/libtiff.so.5: no version information available (required by /lib64/libpoppler.so.46)
Error: LaTeX failed to compile prepare-data_pavkovic_2019.tex. See https://yihui.org/tinytex/r/#debugging for debugging tips. See prepare-data_pavkovic_2019.log for more info.
Execution halted
Bonjour,
C'est peut-être en lien avec le fait que texlive-core a été retiré de l’environnement R.
https://anaconda.org/conda-forge/texlive-core
Essentiellement parce que c'est une vieille version de 2018 qui a des dépendances incompatibles avec certains packages R plus récent qu'on utilise aussi sur le cluster.
C'est possible d'avoir un mini script R qui permettrai de reproduire le message d'erreur et faire des tests sur la dev et la preprod avec des alternatives à textlive-core ?
@olisand et moi avons un peu plus de précisions concernant l'erreur pour pdflatex.
Dans le fichier log de pdflatex on trouve le message d'erreur suivant:
! kpathsea: Running mktexfmt pdflatex.fmt
! Can't locate mktexlsr.pl in @INC (@INC contains: /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/share/tlpkg /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/share/texmf-dist/scripts/texlive /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/lib/site_perl/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/lib/site_perl/5.26.2 /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/lib/5.26.2/x86_64-linux-thread-multi /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/lib/5.26.2 .) at /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/bin/mktexfmt line 23.
! BEGIN failed--compilation aborted at /shared/mfs/data/software/miniconda/envs/r-3.6.3/bin/mktexfmt line 25.
Par contre quand on créé un R markdown minimal (File -> New -> R markdown) et qu'on le compile ne pdf (knit -> Knit to pdf) le pdf est généré correctement.
La librairie mktexlsr.pl est vraisemblablement invoquée par l'un des éléments de notre markdown. Est-il possible de l'installer ?
Si c'est utile on peut essayer de repérer l'endroit précis du script qui pose problème.
Le R mardkown complet est ici:
/shared/mfs/data/projects/analyse_besoins_bioinfo/Rmd/analyse-besoins-bioinfo_IFB_2020.Rmd