Bonjour,
dans un workflow que je suis en train d'éditer, je n'arrive pas à connecter les outiput de BOWTIE2 à HTSeq count. Le message suivant apparait: "effective output data type unknown. This tool cannot be executed on this Galaxy server at this moment, please contact the administrator". Je suppose que ce problème est en lien avec les difficultés de stockage mentionné en warning, mais étant assez néophyte dans le domaine, je préfère m'assurer qu'il ne s'agit pas d'un autre bug. Merci pour votre retour.
Bonne journée
Anne
Bonjour Anne,
Pour faire marcher bowtie2 avec htseq count, il est possible de faire un changement de type de l'output de bowtie2 en bam. Dans "Configure Output: 'Bowtie2 on input dataset(s): alignments'", aller dans la section "Change datatype" et mettre à bam. Maintenant vous pouvez faire le lien entre les deux boites. Je pense que le problème vient du fait que l'on peut choisir plusieurs formats de sortie. Par défaut c'est un BAM mais cela peut également être un sam ou un sam ordonné par nom de reads.
A noter quand même que si c'est du RNA-seq, il n'est pas conseillé de faire les alignements avec Bowtie2 mais avec des outils gérants les jonctions d'épissage.
Bonne journée,
Stéphanie
Merci beaucoup pour votre retour.
Anne