Controler le nombre de jobs lancer par snakemake sur slurm

Bonjour,
Je voudrais lancer un snakemake qui génère des nombreux jobs (environ 80000 contigs x 200 samples) Comment on contrôle le nombre de jobs qui sont lancés par snakemake sur le cluster?
il faut que je lui passe un argument particulier à l'option --cluster du snakemake ?
Merci
Julie

Bonjour Julie,

Pour indiquer à snakemake de lancer des jobs sur le cluster, je vous recommande d'utiliser l'option --drmaa qui est plus complète que l'option --cluster.

Vous pouvez utiliser l'option --jobs pour indiquer le nombre maximum de jobs que snakemake est autorisé à lancer en parallèle. Cependant, chaque utilisateur du cluster est limité en quantité de resources qu'il peut mobiliser à un instant t, ainsi il n'est pas indispensable de limiter le nombre de jobs que va lancer votre processus snakemake.

Vous trouverez plus d'information sur comment utiliser snakemake sur le cluster sur notre tutoriel : https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/tutorials/snakemake/#14

Bonne journée,

Julien

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