Bonjour,
Depuis quelques jours, mon Rstudio sur le cluster ne fonctionne pas.
Pouvez-vous m'aider à résoudre ce problème svp?
Merci beaucoup,
Kheira
Peut-être que ce nouveau message peut vous orienter vers la source de l'erreur ?
Bonjour,
J'ai également un problème pour accéder à l'interface Rstudio.
Je peux accéder à ondemand.cluster.france-bioinformatique.fr et lancer l'ouverture d'une session Rstudio. La session se met en mode "Queued", puis "Starting" et passe directement en mode "Completed".
Connaissez vous la raison de ce problème?
Merci d'avance pour votre réponse,
Cordialement,
Laura
Bonjour,
Avez-vous essayer de nettoyer vos fichiers de cache: Troubleshooting - IFB Core Cluster Documentation ?
Bon on a bien un soucis de notre côté. On regarde et on revient vers vous.
Bonjour, voici le log d'une session qui vient d'échouer si ça peut aider, bonne journée
Script starting...
Waiting for RStudio Server to open port 49919...
Loading rstudio-server/2023.03.1-446
Loading requirement: singularity
- echo 'Starting up rserver...'
Starting up rserver... - export SINGULARITYENV_PREPEND_PATH=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.3.1/bin
- SINGULARITYENV_PREPEND_PATH=/shared/ifbstor1/software/miniconda/envs/r-4.3.1/bin
- rserver --www-port 49919 --auth-none 1 --rsession-path /shared/home/rcoux/ondemand/data/sys/dashboard/batch_connect/sys/rstudio/core/output/b840b831-aea6-4581-a7a7-9ddf765d2d4c/rsession.sh --secure-cookie-key-file /tmp/tmp.HuC0DcyxSi/rstudio-server/secure-cookie-key --server-data-dir /tmp/tmp.HuC0DcyxSi/rstudio-server/ --database-config-file /tmp/tmp.HuC0DcyxSi/rstudio-server//dbconf --config-file /shared/home/rcoux/ondemand/data/sys/dashboard/batch_connect/sys/rstudio/core/output/b840b831-aea6-4581-a7a7-9ddf765d2d4c/rserve.conf --server-user rcoux
INFO: Environment variable SINGULARITYENV_PREPEND_PATH is set, but APPTAINERENV_PREPEND_PATH is preferred
Timed out waiting for RStudio Server to open port 49919!
Cleaning up...
Terminated - echo 'Singularity as exited...'
Singularity as exited...
Oui c'est bien ce que l'on a aussi.
Il s'avère que certains noeuds sont particulièrement chargés et si la session rstudio@ondemand se lance sur ces serveurs, RStudio mets longtemps à s'ouvrir (en causant les erreurs rencontrées).
Nous vous conseillons donc pour l'instant de demander à minima 2 CPU pour votre session, de vous y connecter et même en cas d'erreur de rafraîchir la page quelques minutes plus tard.
Note: a défaut de se connecter à la session RStudio, ondemand va vouloir fermer la session ("Completed"), il faut donc bien se connecter et rafraîchir la page si besoin.
Bonjour,
Merci pour votre aide. Je ne comprends toutefois pas comment se connecter à la session Rstudio si elle passe directement en "Completed" : je n'ai par conséquent pas le lien pour l'ouvrir. J'ai essayé 2 et 4 CPU ce matin, ça n'a pas l'air de fonctionner.
Bonne journée,
Kheira
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Bonjour,
idem pour moi
Bonne jounée aussi
Florence
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Bonjour,
J'ai le même problème. Après ma demande et l'attente, le job se met directement en complété.
Pouvez-vous m'aider?
Merci,
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Bonjour,
J'ai également un problème pour accéder à l'interface Rstudio. La session se met en mode "Queued", puis "Starting" et passe directement en mode "Completed".
Pouvez-vous nous aider à résoudre ce problème?
Merci d'avance pour votre réponse,
Cordialement,
Laura
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Bonjour,
J'ai malheureusement le même problème.
Pouvez-vous nous aider ?
Je vous remercie.
Bien cordialement,
Andreia
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Bonjour,
J'ai le même problèmes depuis quelque jours malgré les differentes tentatives de résoudre le problème décrite sur le forum..
Merci pour votre aide,
Cordialement,
Ghania
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En effet, on essai de regarder de plus près ce qui peut se passer et de revenir vers vous dès que possible.
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Bonjour, le même problème rencontré de notre part depuis plusieurs jours.
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Nous avons trouvé un problème avec le stockage (depuis ce WE). C'est normalement résolu.
Pouvez-vous réessayer ?
Hi,
I had the same problem previously, but it seems I no longer encounter that specific issue. However, I am now facing a new problem. I am trying to create a session in RStudio with 5GB of memory and 5 hours of time, but the session remains queued and does not start. I have been attempting this since early this morning and have also tried requesting less memory and less time, but I am still experiencing the same issue. Do you have any ideas on why this might be happening?
Thanks a lot.
Hi @pkyratzi
Afer facing an issue with the storage, we had a network outage.
For us, it's ok now.
Could you retry ?
Hi, it seems to work now.
Thanks