Hello hello
Je suis en train de bosser sur la realese 3.2 de FROGS, et franchement je galère pour faire la recette conda.
FROGS fait appel à pas mal de dépendances, donc l'utilisation de conda aide beaucoup pour faciliter l'installation du pipeline.
Par contre pour être référencé sur bioconda il faut que les versions des dépendances soient systématiquement >= X.
ça m'embête beaucoup car certains outils sont mis à jour très fréquemment et vu le nombre de dépendances je ne peux pas suivre le rythme de chacun pour vérifier que les résultats sont toujours les mêmes et si non pourquoi.
Du coup pour la version 3.2 j'aimerais réduire la recette conda au strict minimum (libraries python, PERL, et RDP Classifier qui est un jar à installer dans un endroit précis) et faire appel à un env.yaml ou requirements.txt pour installer les autres dépendances en choisissant de figer les versions.
Sauf que je comprends pas trop la différence entre
conda install --file requirements.txt
conda create env -f environment.yaml
est ce qu'une façon de faire est mieux que l'autre ? ce n'est pas la même syntaxe de fichier; je ne vais pas faire les deux.
et la recette frogs, est ce qu'elle doit être inclue dans ces fichiers ou est ce que j'ajoute
-c bioconda frogs
--name FROGS_3.1 frogs=3.1.0
et comment faire si on utilise --file requirements.txt pour préciser les channels ? typiquement pour les paquets R j'aimerais favoriser bioconda puis conda-forge et jamais r.
bref c'est une vraie machine à gaz ce conda/bioconda et à chaque fois que je m'y mets je recule ...
Est ce que quelqu'un serait disposer à me donner un coup de main ?
Si formation conda/bioconda il y a, vous pourriez m'inscrire d'office ?
Bonne journée
Maria