Bonjour,
Le module de braker2 contient beaucoup d'erreur et n'est pas fonctionnel.
Je suis parvenu a faire un module qui charge mon image singularity et j'ai bien accès a mes commandes, que j'arrive a executer.
module load braker
Quand je passe par snakemake qui charge le module j'ai déjà une erreur quand il load:
Activating environment modules: braker
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: ligne 94 : unalias: bam2hints : non trouvé
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: ligne 95 : unalias: augustus : non trouvé
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: ligne 96 : unalias: exonerate2hints.pl : non trouvé
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: ligne 97 : unalias: braker.pl : non trouvé
/shared/software/modules/4.6.1/init/bash: ligne 98 : unalias: exonerate : non trouvé
The config/ directory from AUGUSTUS can be accessed with the variable AUGUSTUS_CONFIG_PATH.
BRAKER2 requires this directory to be in a writable location, to copy this directory to a writable location:
get_augustus_config /absolute_path_to_user_writable_directory/
export AUGUSTUS_CONFIG_PATH=/absolute_path_to_user_writable_directory/config
The GeneMark-ES/ET/EP ver 4.70_lic key should be download http://exon.gatech.edu/GeneMark/license_download.cgi and located in /root/.gm_key
Loading braker
Loading requirement: singularity
il charge la dépendance singularity
mais ensuite le job ne vois pas les commandes:
/usr/bin/bash: ligne1: braker.pl : commande introuvable
pourquoi le script "/shared/software/modules/4.6.1/init/bash" retourne ces infos/erreurs?
merci d'avance