Création noyau Python DUBii dans le Jupyter Lab

pierrepo · février 22, 2021, 1:04pm

Bonjour,

Pourriez-vous s'il vous plait créer un noyau Python dans le Jupyter Hub pour l'édition 2021 du DUBii ? Je souhaiterais que ce noyau soit disponible pour tous les utilisateurs.

L'environnement conda contenant toutes les dépendances est disponible ici :

github.com

DU-Bii/module-2-Python/blob/master/binder/environment.yml

name: dubii-python
# channels priority
# see https://bioconda.github.io/
# conda-forge has highest prioriy
channels:
    - defaults
    - bioconda
    - conda-forge
dependencies:
    - python=3.7
    - jupyterlab
    - ipywidgets
    - numpy
    - scipy
    - pandas
    - pandas-profiling
    - xlrd
    - matplotlib
    - seaborn
    - bokeh

This file has been truncated. show original

Pourriez-vous également activer les extensions listées dans ce fichier (en plus des extensions existantes) :

github.com

DU-Bii/module-2-Python/blob/master/binder/postBuild

jupyter labextension install @jupyter-widgets/jupyterlab-manager

# Bokeh
jupyter labextension install @bokeh/jupyter_bokeh

# Plotly
jupyter labextension install jupyterlab-plotly@4.14.3

# Table of Contents
# https://github.com/jupyterlab/jupyterlab-toc
jupyter labextension install @jupyterlab/toc

Enfin, pourriez-vous nommer ce noyau "DUBii Python" ?

D'avance merci pour votre aide.

Pierre

PS : j'ai testé avec succès la création de ce noyau sur mon compte, hormis l'activation des extensions qui n'est pas possibles car le Jupyter Lab utilisé est celui du Hub et non pas celui de l'environnement.

julien · février 22, 2021, 2:38pm

@team.software est-ce qu'on ne pourrait pas enrichir l'env Python de base du cluster avec les lib proposées par Pierre. Ca me semble être assez standard en python scientifique et ça éviter de multiplier les noyaux spécifiques proposés sur JupyterHub

Julien

pierrepo · février 22, 2021, 3:14pm

Ce serait effectivement super.

Toutes les bibliothèques de cet env sont assez classiques ou orientées bioinfo.

Si vous avez besoin de tester que les bibliothèques soient bien installées et les extensions bien activées, voici un notebook de recette :

github.com

DU-Bii/module-2-Python/blob/master/notebooks/test_modules.ipynb

{
 "cells": [
  {
   "cell_type": "markdown",
   "id": "distributed-locator",
   "metadata": {},
   "source": [
    "## Python"
   ]
  },
  {
   "cell_type": "code",
   "execution_count": 1,
   "id": "crude-library",
   "metadata": {},
   "outputs": [
    {
     "name": "stdout",
     "output_type": "stream",
     "text": [

This file has been truncated. show original

gildaslecorguille · février 22, 2021, 4:52pm

Cela me paraît aussi jouable !

julien · février 22, 2021, 5:08pm

En cours ici pour la partie Python : https://gitlab.com/ifb-elixirfr/cluster/tools/-/merge_requests/423

pierrepo · février 22, 2021, 5:18pm

Merci. Par contre, il manque quelques packages dans le merge request. C'est normal ?

julien · février 22, 2021, 6:25pm

Ah oui lesquels ?

julien · février 22, 2021, 6:26pm

Ah oui ok, c'était tronqué sur discourse, je vais compléter

pierrepo · février 22, 2021, 6:37pm

Merci
N'oublie pas l'activation des extensions.

julien · février 23, 2021, 9:18am

Bonjour,

L'environnement Python 3.7 a été mis à jour pour intégrer les librairies scientifiques demandées.
Nous avons également ajouter les extensions JupyterLab sur le hub.

Bonne journée,

Julien

pierrepo · février 23, 2021, 9:18am

Salut Julien.

Merci beaucoup. Le notebook de test passe sans problème.