Bonjour,
J'ai vu que deepvariant est installé sur l'ifb (et l'igbmc) mais est ce que quelqu'un sait l'utiliser ? Je ne parle pas des différentes options mais simplement comment lancer l'outils en lui même ? Ou alors il faut utiliser singularity ?
Merci d'avance
Bonjour Quentin,
DeepVariant est disponible en version 1.0.0 pour l'instant (on peut si besoin installer la version 1.1.0).
Mais le nom des commandes pour lancer l'outil n'est pas vraiment explicite...
Une fois le module chargé:
module load deepvariant/1.0.0
Les commandes liées à deepvariant sont disponibles mais préfixées par dv_
(pour info les binaires/scripts se trouvent dans /shared/software/miniconda/envs/deepvariant-1.0.0/bin
):
dv_make_examples.py
dv_call_variants.py
dv_postprocess_variants.py
Correspondants à make_examples
, call_variants
et postprocess_variants
décrit dans la doc suivante: deepvariant/deepvariant-details.md at r1.1 · google/deepvariant · GitHub
$ dv_call_variants.py
usage: dv_call_variants.py [--cores CORES] --outfile OUTFILE --examples
EXAMPLES --sample SAMPLE [--model {wes,wgs}] [-h]
dv_call_variants.py: error: the following arguments are required: --outfile, --examples, --sample
Mais mes connaissances s'arrêtent là. En espérant que cela vous aide quand même.
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