Deepvariant : utilisation?

Bonjour,

J'ai vu que deepvariant est installé sur l'ifb (et l'igbmc) mais est ce que quelqu'un sait l'utiliser ? Je ne parle pas des différentes options mais simplement comment lancer l'outils en lui même ? Ou alors il faut utiliser singularity ?

Merci d'avance :slight_smile:

Bonjour Quentin,

DeepVariant est disponible en version 1.0.0 pour l'instant (on peut si besoin installer la version 1.1.0).
Mais le nom des commandes pour lancer l'outil n'est pas vraiment explicite...

Une fois le module chargé:

module load deepvariant/1.0.0

Les commandes liées à deepvariant sont disponibles mais préfixées par dv_ (pour info les binaires/scripts se trouvent dans /shared/software/miniconda/envs/deepvariant-1.0.0/bin):

dv_make_examples.py
dv_call_variants.py
dv_postprocess_variants.py

Correspondants à make_examples, call_variants et postprocess_variants décrit dans la doc suivante: deepvariant/deepvariant-details.md at r1.1 · google/deepvariant · GitHub

$ dv_call_variants.py 
usage: dv_call_variants.py [--cores CORES] --outfile OUTFILE --examples
                           EXAMPLES --sample SAMPLE [--model {wes,wgs}] [-h]
dv_call_variants.py: error: the following arguments are required: --outfile, --examples, --sample

Mais mes connaissances s'arrêtent là. En espérant que cela vous aide quand même.

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Bonjour,

Oui merci ca m'aide beaucoup.

(Effectivement la version 1.1.0 apporte certaines nouveauté intéressantes comme deeptrio.)

En revanche je ne sais pas si GLnexus est installé ? En tout cas je ne l'ai pas trouvé.
Je dois remettre un post dans IFB core cluster ou c'est bon ?