Bonjour,
Je voudrais accéder aux nodes GPU pour utiliser Dorado (basecalling nanopore reads)
Nom du projet : " epiaavtherapy"
Merci d'avance,
Fiorella
Bonjour,
C'est fait. N'oubliez pas de spécifier la partition (--partition=gpu), votre compte (--account=<votre-projet>) et à bien vérifier l'usage des ressources: SLURM job efficiency - IFB Core Cluster Documentation
Bonne journée
Merci bcp pour la activation del compte!
J'essaie faire tourner Dorardo sur un jeu de données assez important (~1.5 TB), et je rencontre toujours un problème de limite de temps après 4hrs. Je sais que c'est le "limit limit" par défaut, j'ai donc essayé de mettre le paramètre slurm à : ##SBATCH --time 24:00:00 mais ça me done le même erreur : JOB 44996591 ON gpu-node-02 CANCELLED AT 2025-03-13T19:12:45 DUE TO TIME LIMIT"
J'ssayé de le faire sur une petite partie des données et cela fonctionne bien, ce n'est donc pas un problème avec Dorado, mais plutôt la façon dont je configure la limite de temps....
Auriez-vous des idées pour résoudre ce problème ? Je vous remercie.
Bonjour,
Il faut indiquer les directives SBATCH de façon précise: en début de script et avec 1 seul #.
La directive suivante en début de script sera donc prise en compte:
#SBATCH --time 24:00:00
Celle-ci sera ignoré:
##SBATCH --time 24:00:00
Peut-être simplement ça ?