Bonjour,
Je voudrais accéder aux noeuds GPU pour utiliser Dorado (basecalling nanopore reads).
Nom du projet : " poacembly"
Merci d'avance,
Cédric MARIAC
Bonjour,
L'accès au GPU ne semble toujours pas fonctionnel.
merci de votre retour
Cédric
sbatch: error: Batch job submission failed: Invalid account or account/partition combination specified
#!/bin/sh
#SBATCH -p gpu
#SBATCH --gres=gpu:3g.20gb:1
#SBATCH --cpus-per-task=1
#SBATCH --mem=16GB
#SBATCH --account=cmariac
load dorado module
module load dorado
dorado duplex --emit-fastq sup /shared/ifbstor1/projects/poacembly/Dacryo/Dacryodes_ONT.pod5 > /shared/ifbstor1/projects/poacembly/Dacryo/Dacryodes_ONT_dorado_sup.fastq
Bonjour,
C'est fait.
Pensez bien à spécifier la partition (--partition=gpu), votre projet (--account=<votre-projet>) et à vérifier que le GPU est vraiment utilisé lors de votre traitement (https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/troubleshooting/#slurm-how-to-use-resources-wisely ).
Bonne journée