ynie
Novembre 30, 2023, 9:10
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Bonjour,
je voudrais utiliser Dsuit, GitHub - millanek/Dsuite: Fast calculation of Patterson's D (ABBA-BABA) and the f4-ratio statistics across many populations/species
un logiciel qui n’est pas encore collecté par l’environnement conda.
J’ai essayé tous les GCC échouent via le module load. Pour le compiler, à ma connaissance, GCC 4.9.1 est nécessaire,
Si vous pouvez installer Dsuite pour moi, ce serait encore mieux.
Merci salutations cordiales!
Yuqi
D'après la documentation, il faut au minimum GCC 4.9.1 pour compile Dsuit, mais un GCC plus récent doit fonctionner. Sur mon compte ifb, la compilation se passe sans problème avec GCC 11.2 :
git clone https://github.com/millanek/Dsuite.git
cd Dsuite/
gcc --version # default is 4.8.5
module load gcc/11.2.0
gcc --version # now, gcc version is 11.2.0
make
g++ -c -std=c++11 Dsuite.cpp -o Build/Dsuite.o
g++ -c -std=c++11 Dsuite_utils.cpp -o Build/Dsuite_utils.o
g++ -c -std=c++11 D.cpp -o Build/D.o
g++ -c -std=c++11 gzstream.cpp -o Build/gzstream.o
g++ -c -std=c++11 Dmin.cpp -o Build/Dmin.o
g++ -c -std=c++11 Dmin_combine.cpp -o Build/Dmin_combine.o
g++ -c -std=c++11 Dsuite_fBranch.cpp -o Build/Dsuite_fBranch.o
g++ -c -std=c++11 Dquartets.cpp -o Build/Dquartets.o
g++ -c -std=c++11 Dsuite_common.cpp -o Build/Dsuite_common.o
g++ -c -std=c++11 kstest.cpp -o Build/kstest.o
g++ -c -std=c++11 KolmogorovSmirnovDist.cpp -o Build/KolmogorovSmirnovDist.o
g++ -std=c++11 Build/Dsuite.o Build/Dsuite_utils.o Build/D.o Build/gzstream.o Build/Dmin.o Build/Dmin_combine.o Build/Dsuite_fBranch.o Build/Dquartets.o Build/Dsuite_common.o Build/kstest.o Build/KolmogorovSmirnovDist.o -o Build/Dsuite -lz
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