Demande d’installation de pipelines

[ddabirmoghaddam]

Bonjour,

J’aurais souhaité utiliser les outils suivants :

• HybPiper GitHub - mossmatters/HybPiper: Recovering genes from targeted sequence capture data
• skimmingLoci GitHub - mreginato/skimmingLoci
• Patchwork GitHub - fethalen/Patchwork: Alignment-based retrieval and concatenation of phylogenetic markers from whole genome sequence (WGS) data
• REFMAKER GitHub - cpouchon/REFMAKER: Make your own nuclear references from genomic assemblies of shotgun libraries.
• read2tree GitHub - DessimozLab/read2tree: a tool for inferring species tree from sequencing reads
• GeneMiner GitHub - happywithxpl/GeneMiner: GeneMiner: a tool for extracting phylogenetic markers from next-generation sequencing data
  Est-il possible de les installer sur le cluster, ou dois-je procéder autrement ?

Très bonne journée,

Diane

[dbenaben]

Bonjour,

Vérifier au préalable que l'outil n'est pas déjà disponible via module:

Conda / Singularity / Module - IFB Core Cluster Documentation

Si ce n'est pas le cas, il est toujours possible d'installer les outils par et pour vous-même.
Par exemple, pour HybPiper en utilisant conda comme indiqué: https://github.com/mossmatters/HybPiper#setup
Je vous invite en revanche à installer les outils dans votre espace projet (par exemple à l'aide de --prefix).

Et sinon, vous pouvez nous demander de les installer (mais ça peut prendre du temps...).

Bonne journée