Demande d'accès à la partition gpu - dcasane, projet taste_receptor

IFB Core Cluster
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Bonjour !

Est-ce qu'il serait possible de nous accorder l'accès à la partition gpu, afin de faire tourner quelques prédictions de structures/ligands avec alphafold3 ? Notre login est "dcasane" et nous sommes sur le projet "taste_receptor" .

De plus, sur la page de documentation d'alphafold3 de l'IFB (AlphaFold - IFB Core Cluster Documentation) il est noté que l'on doit mettre dans le script bash la ligne suivante :"DB_PATH={{ no such element: dict object['path_bank_alphafold3'] }}". Est-ce une erreur ? Et si oui, devons nous remplacer ce chemin par "/shared/bank/alphafold3/current/" ?

Merci et à bientôt !

Maxime

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Bonjour,

Est-ce qu'il serait possible de nous accorder l'accès à la partition gpu

C'est fait.
N'oubliez pas de spécifier la partition (--partition=gpu), votre compte (--account=<votre-projet>) et à bien vérifier l'usage des ressources: SLURM job efficiency - IFB Core Cluster Documentation

nous accorder / notre login est "dcasane"

Je ne comprends pas bien pourquoi ce n'est pas votre login ?

il est noté que l'on doit mettre dans le script bash la ligne suivante :"DB_PATH={{ no such element: dict object['path_bank_alphafold3'] }}".

Il faut bien sûr remplacer par le chemin de la bank.
Par exemple "/shared/bank/alphafold3/current/".

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Super merci pour cette réponse très rapide, et cet accès !

Didier Casane (DR à l'EGCE) et moi même utilisons ce compte en commun pour travailler sur le cluster !

Maxime

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Bonjour Maxime,

Un compte est strictement personnel et incessible.
Le partage de compte est interdit et n'a que peu d'intérêt puisqu'il est possible de créer des projets et de partager les données/scripts/etc pour chaque projet.
Cela est bien spécifié dans la charte d’utilisation de l'infrastructure: Term of Usage - IFB Core Cluster Documentation

Aussi, merci de vous créer un compte personnel et changer le mot de passe de dcasane.
Il suffira alors à dcasane de vous ajouter en tant que membre des projets via https://my.cluster.france-bioinformatique.fr/.

Dans l'attente de votre retour.

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Bonjour @MaximePolicarpo

Avez-vous pris en compte notre message ?

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Bonjour,

Oui ! Je suis entrain de voir avec Didier Casane pour que je créer un compte et qu'il m'ajoute au projet !

Merci !

Maxime