Demande d'accompagnement sur un projet de docking

Bonjour Baptiste,

C'est fait, vous pouvez maintenant acceder a bigmem en lancant:
sinteractive --partition=bigmem --cpus=110

J'ai fait quelques tests avec + de 110 mais il avait pas l'air d'accepter.

Du coup DockingApp.sh est toujours configurer pour limiter à 54 cpu (dans sa configuration propre)
On peux laisser comme ca, et ca vous permet d'en lancer deux en même temps, ou alors changer la configuration pour mettre le même nombre de CPU.

Le fichier de configuration est la:
/shared/projects/docking_covid19/DockingApp/configuration.txt

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@Francois
Super nouvelle, merci ! Par contre la commande ne semble fonctionner... Ca charge dans le vide sans pouvoir me donner accès au cluster... :frowning: :sweat_smile:

Quand ca charge dans le vide, la solution c'est de baisser le nombre de CPU.

Vous pouvez taper Ctrl C pour annuler le chargement et re-essayer avec moins de CPU.

C'est probablement en lien avec ca:

Je vais regarder ce qui se passe dans le details.

@Francois
J'ai essayé après avoir nettoyé mes sessions en cours ou mal fermées et ça ne fonctionnait pas non plus. La j'ai un job qui tourne sur le 54 CPU car je viens de le lancer.

En tout cas le nettoyage a bien marché, je ne vois qu'une seul session sinteractive c'est celle avec 54 CPU qui est en cours.

Vous avez bien rajouter l'option --partition=bigmem a sinteractive quand vous avez essayer avec plus de CPU ?

@Francois
Oui, j'ai essayé de l'enlever et ça ne marche pas du tout (commande non valide). Mais quand je lance la commande complète, ça charge mais sans aboutir. Peut-être que je ne suis pas assez patient ? :roll_eyes:

Bonjour @bmartin ,

La machine/partition dite "bigmem" est déjà sollicité (4 jobs sont en train de tourner).
Elle n'est donc pas disponible actuellement (et potentiellement pendant encore un moment.. difficile de dire quand elle se libérera). C'est pourquoi votre commande (sinteractive) sur cette machine/partition reste en attente.

Hmmm. Je me suis trompé. Il reste encore de la place sur bigmem.
Pouvez-vous re-essayer en diminuant le nombre de CPU demandé ?

@dbenaben @Francois
Je viens de tenter avec 80 CPU et ça marche, je vais tester ça ce soir sur quelques runs. Merci !

Point de suivi concernant le traitement de grosses banques de molécules.

J'ai pu travailler avec Patrick GUTERL sur la parallélisation des calculs. Les développements sont en cours pour pouvoir traiter plusieurs dockings en même temps dans le cadre d'un criblage virtuel, tout ça pour gagner en efficacité et en temps de calcul. Je vous tiens informé quand nous aurons validé le process.

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Bonjour à tous,

Je reviens vers vous car vous avez participé à la mise en place du projet criblage virtuel SARS-CoV2 qui a débuté en avril 2020. Je souhaite tout d’abord vous remercier pour l’intérêt, le temps et l’investissement que vous avez accordé à ce projet.

J’ai le plaisir de vous informer que ce projet a donné ses premiers résultats. Grâce à cette première campagne, des composés intéressants ont pu être identifiés et des premiers tests in vitro sont prévus d’ici la fin de l’année. Ces premiers résultats permettront d’une part de valider la méthodologie de criblage virtuel et, sur base des résultats, de réfléchir à une stratégie d’optimisation chimique.

Une seconde campagne est en préparation. J’espère que j’aurais à nouveau le plaisir de collaborer avec vous sur ce prochain projet.

En vous remerciant tous pour votre précieuse collaboration.

Bien cordialement,

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Bonjour @bmartin,

C'est une excellent nouvelle et merci pour ce retour. Bon courage pour la suite !
Nous vous te re-accueillerons sans soucis avec les moyens nécessaires.

Cordialement