Demande d'augmentation de l'espace de stockage (projet : scmdx_mna2)

IFB Core Cluster Account and project management
1

Bonjour,

Après un lancement d'un job nf-core/rnaseq, j'ai obtenu une erreur au milieu du run.
Si je comprend bien l'erreur, il n'a pas pu lancé l'étape critique car il ne trouvait pas le fichier adéquat qui je pense ne s'est pas créé par manque de place.
En regardant la place occupée sur ce projet, le run (comptant les inputs et le work) font 376Go.
Est-ce que j'ai dépassé la taille ?

Et si oui, serait-il possible de l'augmenter l'espace de stockage, au moins vers le 1-2 To je pense.

Le projet est scmdx_mna2

Bien cordialement,

2

Bonjour William,

C'est fait. Pensez à revenir vers nous quand nous pourrons diminuer ce quota.

Bonne journée

3

Bonjour,

Je vous remercie. Depuis j'ai toujours besoin de cet espace...

J'ai un problème avec le process que je lance. Je lance via le tuto dédié nf-core/rnaseq avec un fichier config approprié :

//Profile config names for nf-core/configs
params {
    config_profile_description = 'The IFB core cluster profile'
    config_profile_contact     = 'https://community.france-bioinformatique.fr'
    config_profile_url         = 'https://ifb-elixirfr.gitlab.io/cluster/doc/cluster-desc/'
}

singularity {
    enabled    = true
    runOptions = '-B /shared'
}

process {
    resourceLimits = [
        memory: 252.GB,
        cpus: 56,
        time: 720.h
    ]
    executor = 'slurm'
    queue    = { task.time <= 24.h ? 'fast' : 'long' }
    
    withName: NFCORE_RNASEQ:RNASEQ:ALIGN_STAR:STAR_ALIGN {
		memory = 252.GB
		cpus = 56
		time = 720.h
    }
}

params {
    igenomes_ignore = true
    max_memory      = 252.GB
    max_cpus        = 56
    max_time        = 720.h
}

Malgré cela, certains jobs pour certains échantillons prennent plus de temps qu'allouer et stop l'étape d'alignement vers 16h. C'est un problème que j'ai rencontré et que je croyais avoir résolu (pour en avoir discuter avec l'équipe nf-core sur leur slack).

A chaque fois que je pense avoir régler le problème et que je fais le resume, je dois patienter 16h, occupé des jobs sur le cluster pour me rendre compte que cela ne marche pas...

Avez-vous déjà été confronté à ce problème ?

4

Bonjour,

Difficile de vous dire sans plus de précisions.
Quel est le message d'erreur renvoyé ? Pouvez-vous nous donner le chemin vers le fichier de sortie ? Les numéros de jobs échoués ?

PS: pour toute nouvelle question, il est préférable d'ouvrir un nouveau sujet.