Bonjour, aujourd'hui, j'ai reçu dans mon espace le disk quote exceeded, qui est la première fois que j'ai rencontré (j'ai que demandé 200G, à priori je voudrais augmenter jusqu'au 500G avec des données de single-cells à court terme. puis, j'ai relancé R et j'ai plus accédé à ma session depuis ce matin, j'ai supprimé certains fichiers et redémarré plusieurs fois sans réussite le serveur, qui m'empêche d'accéder à R et Python. Aussi, j'ai observé que dans le page My interactive Session, le bouton de rafraîchissement est disparu. Pourriez vous m'aider débugger ?
grand merci
Bonjour,
Votre espace home est saturé, voir: status_bars zzhou2023
109Go utilisé sur 100Go, 143k fichiers stockés pour une limite à 100k
Je vous invite donc à faire du ménage et/ou déplacer vos données dans votre espace projet (hla_analysis).
De plus, je vous invite à modifier votre compte par défaut (par celui de votre projet): Troubleshooting - IFB Core Cluster Documentation
Merci beaucoup,
j'ai eu l'erreur lors du transfer home vers mon projet.. oui, je vais modifier mon compte je me suis rendu compte j'ai commencé depuis avec le compte Demo au lieu de mon projet
merci encore
Rebonjour,
j'ai transféré toutes mes affaires vers mon projet hla_analysis (il est vide sur home), mais il relance toujours pas Rstudio...
Pouvez-vous essayer la manipulation proposée:
Bonjour, désolé pour polluer ce thread pour une question liée au stockage.
pour l'instant, j'ai plus de souci lié au démarrage après le nettoyage fréquent.
par contre, j'ai rencontré quelques problèmes concernant le stockage pour mon projet, et installation d'un environment conda.
pour le stockage des données de mon projet, il est possible d'augmenter jusqu'à 300GB sur le projet dédié ?
Aussi, pour réaliser une analyse sur Pyscenic, je devrais créer un environment via Conda, dans ce cas, je pourrais réaliser cette installation sur mon compte/folder perso ? Si oui, est-ce qu'il est possible aussi d'augmenter l'espace de stockage ? Merci par avance.
J'ai aussi réalisé que ce problème est d'origine d'excédant nombre de fichiers dans Home. Dans le as où on doit créer un environment, je ne peux pas qu'installer sur Home mais sur mon projet dédié ?
pour le stockage des données de mon projet, il est possible d'augmenter jusqu'à 300GB sur le projet dédié ?
Oui. C'est fait.
je devrais créer un environment via Conda, dans ce cas, je pourrais réaliser cette installation sur mon compte/folder perso ?
L'installation via conda est tout a fait possible.
Par défaut l'installation se fait dans le "home".
Le nombre de fichier étant limité sur le "home" (100k), il est préférable d'installer son environnement logiciel dans son espace projet (et en plus l'environnement logiciel et lié au projet).
Sur conda, cela se fait via l'option prefix: -p, --prefix
Voir: conda create — conda 25.3.1 documentation
merci,
Last login: Mon Apr 21 18:24:36 2025 from 192.168.16.235
hla_analysis [##########----------] 164 / 300 GB
- [####################] 370817 / 300000 FILES
il me semble avec un conda env, il peut dépasser 300000 fichiers...
Bonjour,
en plus, j'ai vécu deux éléments similaires quand je voulais démarrer deux conda, individuellement,
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pyscenic, comme d'autres, avec Jupyter Notebook, kernel a été interdit, et je n'ai pas de permissions de lancer aucune commande, il s'agit de mauvaise orientation vers conda de sudo (donc le cluster), et comme nous, nous n'avons pas d'autorisations à modifier.
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scFEA, python-dépendent, est-ce que je pourrais utiliser Jupyter notebook pour lancer ce package avec Kernel (ou pas) ou uniquement sur Command line ? permission denied toujours quand je crée le kernel (installation des conda envs toujours sur Terminal), dans ce cas, est-ce qu'il y a une possibilité/un avantage d'utiliser terminal pour effectuer ce package avec des heures, des CPU et des mémoires ? merci encore
