Bonjour, je voulais demander de l'aide pour terminer mes analyses. Je travaille actuellement avec un Dataset de scRnaseq, avec lequel je n'ai pas eu beaucoup de problèmes puisque j'ai réalisé des sous-groupes, mais quand j'ai besoin de travailler avec la totalité des données dans mon application Rshiny, le programme plante et me donne le message suivant:
Warning: Error in irlba: reached CPU time limit
1: runApp
Je voulais savoir si cette limite de temps CPU est standard pour le compte ou si je peux l'augmenter, merci beaucoup d'avance.
Bonjour,
Désolé pour ce retour tardif.
A priori, vous êtes toujours su un compte "demo".
Vous pouvez/devez changer ce compte par défaut comme indiqué ici: Troubleshooting - IFB Core Cluster Documentation
Je viens de le faire pour vous. Est-ce que cela a bien résolu votre soucis ?
Bonjour, merci beaucoup pour la réponse, j'ai toujours le même problème, surtout quand je travaille avec de très gros jeux de données
Bonjour,
Pouvez-vous essayer de faire le traitement sans utiliser "RShiny" mais en lançant la fonction via un script R ou via RStudio ?
bonjour, les fonctions n'ont aucun problème lorsqu'elles sont lancées depuis le terminal, le problème survient lors de l'utilisation de l'application Rshiny lorsqu'elle est utilisée dans de très grandes bases de données et que le traitement du pipeline au sein de l'application est très étendu
Vous pouvez peut-être essayer de jouer avec: setTimeLimit: Set CPU and/or Elapsed Time Limits
Mais si cela fonctionne depuis le terminal, je pense qu'il faut privilégier cette solution.
RShiny va rajouter une couche et de la complexité et ne me semble pas adapté à "de très grandes bases de données" ou à un "pipeline très étendu". En tous cas, je n'ai pas d'autre solution à vous proposer (à priori, le problème ne vient pas du cluster mais de RShiny, sujet où je suis incompétent).
Merci beaucoup pour votre réponse