Bonjour,
Je travaille sur le séquençage d'individus du moustique Anopheles gambiae. Mon jeu de données prolonge une précédente étude du consortium 1000 génomes moustiques (AG1000G) dont le SNP calling a été réalisé à l'aide de GATK 3 entre 2014 et 2017.
De manière à me servir du jeu de données du 1000 génomes comme référence, je souhaiterais pouvoir utiliser GATK 3.8.
Malheureusement, ce dernier n'est pas disponible en module, ni en environnement conda partagé.
J'ai tenté de l'installer à partir d'une installation de miniconda3 que j'ai réalisée dans mon home/ (conda install -c bioconda gatk) mais ça ne fonctionne pas.
Serait-il possible d'installer GATK 3.8 en module ? Si nécessaire, j'ai à ma disposition un jar (package-archive-gatk-GenomeAnalysisTK-3.8-0-ge9d806836.tar.bz2) dans mon répertoire aedes_amplicon.
En vous remerciant par avance pour l'aide précieuse apportée,
Cordialement,